В завязке мы видим, как двое неизвестных похищают плутоний из секретной лаборатории и оставляют знак «VON» – кражу осуществили два главных героя: молодые парни, называющие себя Девятый и Двенадцатый. Через некоторое время подростки устраивают взрыв в Токио, предварительно выложив в социальные сети видео, где они в масках, называя себя Сфинксами 1 и 2, угрожают упомянутым взрывом. Параллельно деятельности, связанной с терактами, Девятый и Двенадцатый поступают в школу, где знакомятся с неприметной Лизой Мисимой, которая впоследствии присоединяется к Сфинксам. Взрывы продолжаются, без человеческих жертв, как и в первый раз, подростки публикуют видео-загадки, решив которые можно предотвратить теракты, и ими начинает интересоваться детектив Кэндзиро Шибадзаки. В процессе расследования Шибадзаки приходит к выводу, что все здания в той или иной степени принадлежали организаторам проекта «Афина», в рамках которой одарённых детей-сирот содержали в жёстких и негуманных условиях, чтобы воспитать