Действие происходит в Москве 30-х годов, где известный писатель, который находится на пике своей карьеры, вдруг становится жертвой цензуры и травли со стороны советской власти. Его пьеса о Понтии Пилате, которую планировали поставить в театре, запрещена за «крамольные идеи», а сам он с позором исключен из Союза писателей и превращается в изгоя. Именно в этот сложный момент он встречает Маргариту, замужнюю женщину, которая становится его музой и возлюбленной. Вдохновленный ее поддержкой, писатель начинает работу над новым романом, где главным героем становится таинственный Воланд, прообразом которого является знакомый иностранец.
В романе писателя реальность и вымысел переплетаются. Воланд, представляющийся иностранным профессором, появляется в Москве вместе со своей свитой, включая Коровьева, Азазелло и кота Бегемота. Они устраивают хаос в городе, проводя сеанс чёрной магии в театре, где деньги падают с потолка, а головы отрываются и возвращаются на место. Эти события вызывают смятение среди москвичей, а сам писатель всё глубже погружается в мир своего романа, теряя грань между реальностью и фантазией.
Параллельно развивается линия древнего Ершалаима, где Понтий Пилат судит Иешуа Га-Ноцри. Эта история, являющаяся частью романа писателя, перекликается с событиями в Москве. Воланд, как мистическая сила, связывает эти два мира, утверждая, что был свидетелем событий в Ершалаиме.
По мере развития сюжета писатель сталкивается с подлым предательством. Его друг Алоизий, которому он доверяет рукопись романа, доносит на него. Писателя арестовывают, а его произведение сжигают. В тюрьме его пытают, а затем отправляют в психиатрическую клинику доктора Стравинского, где он продолжает тайно писать роман. В конце концов, писатель покончил с собой.
Маргарита, узнав о судьбе возлюбленного, решает отомстить за него. Она превращается в ведьму с помощью волшебного крема, подаренного Азазелло, и устраивает погром в квартире критика Латунского, одного из тех, кто способствовал падению писателя. Затем она становится королевой на балу Сатаны, где встречает Фриду, женщину, наказанную за убийство собственного ребёнка. Маргарита просит Воланда освободить Фриду от вечного наказания, а затем признаётся, что её истинное желание — вернуть Мастера. Воланд исполняет её просьбу, и Мастер появляется перед ней.
В финале фильма Маргарита, прочитав роман Мастера, решает покончить с собой, выпив яд. В это время в «нехорошей квартире», где остановился Воланд, происходит взрыв, вызванный визитом агентов НКВД. Москва охвачена огнём, а Воланд и его свита исчезают, оставляя после себя хаос и разрушение.