6 июля 1941 года Николай Шпаков добровольно отправился на фронт. Командуя взводом 444-го стрелкового полка 108-й стрелковой дивизии, смело воевал с врагом. Во время обороны под Ярцево — городом в Смоленской области, его приняли кандидатом в члены ВКП(б). В ноябре сорок первого, во время битвы за Москву, он попал в плен, откуда сумел сбежать.
Вернувшись домой, с весны 1942 года он присоединился к подпольной группе Рудакова в Витебске и начал активно бороться с фашистами. Он организовывал смелые операции на железной дороге между Витебском, Оршей и Полоцком, забирал оружие с немецких складов и передавал информацию партизанской бригаде Бирюлина. Позже он сам возглавил подпольную группу в Витебске.
В ночь с 26 на 27 июля 1944 года он в составе разведгруппы «ДЖЕК» был высажен на территорию Восточной Пруссии.
С 29 июля по 28 сентября 1944 года он руководил разведгруппой «ДЖЕК».
28 сентября 1944 года группа попала в засаду. Отбиваясь от преследователей, он отстал от товарищей. В лесу он встретил разведчиков из группы «Атаман» и присоединился к ним. 20 октября 1944 года под Инстербургом (сейчас Черняховск) он был ранен и, чтобы не попасть в руки врага, поступил по неписаному правилу разведчика — приставил пистолет к виску.