Основан по указу Ивана Грозного от 10 февраля 1560 года.
Руководство работами поручили новгородскому строителю Фёдору Сыркову (казнен Иваном Грозным во время опричного погрома Новгорода). Срокам строительства придавалось особое значение, поэтому царь разрешил на всех видах работ использовать крестьян из двадцати волостей.
Главной реликвией монастыря является чудотворная Тихвинская икона Божией Матери Одигитрии.
В 1613 году монастырь был осаждён шведской армией под предводительством Якоба Делагарди, однако его защитники во главе с князем Семёном Прозоровским смогли отразить несколько штурмов и удержать обитель до прихода подкрепления.
В 1747 году императрица Елизавета Петровна приказала выстроить вокруг монастыря каменную ограду.
Её строительство было начато в 1766 году, а в 1788 году окончена западная часть.
В 1795 году завершилось строительство восточной, северной и южной частей. Для этого были использованы пожертвования императоров Павла I и Александра I (37 000 рублей) и собственные средства монастыря (около 20 000 рублей). Общая длина ограды достигала 450 саженей.
В 1920-х годах храмы монастыря были переданы обновленцам, в 1930-х годах закрыты, а икона, почитавшаяся чудотворной, стала экспонатом местного краеведческого музея.
Во время Великой Отечественной войны город был недолгое время оккупирован немецкими войсками, но при отступлении они вывезли икону во Псков, где передали православной духовной миссии, потом икона попала в Ригу, Либаву, Яблонец, американскую оккупационную зону в Германии, оттуда епископ Иоанн (Гарклавс) вывез её в Чикаго (США). Умирая, владыка Иоанн оставил завещание, по которому возвращение святыни в Россию возможно только при полном возрождении Тихвинского монастыря.
В 1995 году монастырь был возвращён Русской православной церкви, Успенский собор восстановлен и освящён, а в 2004 году икона была возвращена в монастырь.
Звонница (колокольня) (построена в 1600 году). Пятигнёздная, четырёхэтажная; во время пожара 1623 года пострадала от взрыва, так как в одном из гнёзд хранился порох. Была восстановлена и в середине XIX века ещё сохраняла свой облик; каменщиков для восстановления взорванной колокольни присылал князь Дмитрий Пожарский. Восстановлена в историческом виде в 20-х годах XXI века.
Колокола.
Большой — самый большой из монастырских колоколов, был отлит в Москве в 1808 году и перелит после повреждения в 1813 году в Тихвине (при этом в сплаве увеличилось количество меди). Его вес после перелива возрос с 500 до 635 пудов.
Полиелейный — весом около 300 пудов, подарен монастырю царем Федором Иоанновичем в память о царе Иване Васильевиче и царевиче Иване Ивановиче в 1589 году.
Всехдневный — весом 240 пудов, отлит в сентябре 1776 года мастером Алексеем Дмитриевичем Евдокимовым.
Ранний — весом в 119,5 пудов, в 1802 году перелит из старого колокола 1549 года с добавлением меди.
Трапезный и великопостный — 40 пудов 15 фунтов весом, отлит 20 января 1803 года.
Сигнальный — около 23 пудов весом, вылит в 1553 году.
Кроме того, в монастыре имелось до тринадцати малых колоколов весом от 13 пудов до 6 фунтов, использовавшихся для трезвона и отбоя четвертей часа, и 68-пудовый колокол без надписей для заказных и ранних служб.
В начале Ливонской войны (1558 г.) Иван IV решил укрепить Тихвин как возможный пункт обороны юго-восточного Приладожья. Царь приказал увеличить территорию Тихвинского Большого мужского монастыря и обнести мощными стенами. Укрепление пригодилось и в начале XVII века, во времена войны со Швецией.
Во время войны России с Польшей и Швецией Тихвинский монастырь остался верен Москве, и на его землях был заключен Столбовский мир 27 февраля 1617.
В сложной международной и внутренней обстановке начала XVII века, когда только что завершилась драматическая эпоха Смутного времени, поставившая страну на грань национальной катастрофы, Столбовский мир был положительным, но временным этапом стабилизации на северо-западных границах России. Судьба захваченных шведами русских земель не была решена. Теперь ясно, что король Густав Адольф преждевременно радовался. Борьба России за выход на берега Балтийского моря только начиналась. И Столбовский трактат был важнейшим первым шагом на этом пути.
Результаты Столбовского мира
Швеция вернула России Новгород, Порхов, Старую Руссу, Ладогу, Гдов и Сумерскую волость.
Россия уступала Швеции Ивангород, Ям, Копорье, Орешек, Корелу — то есть весь выход к Балтийскому морю, кроме того, Россия должна была заплатить Швеции 20 тыс. рублей. (в начале XVII века один рубль содержал 49 грамм серебра, соответственно, 20 000 серебряных рублей равнялись 980 кг серебра)
Англия укрепила торговые позиции в России.
Границы, установленные Столбовским миром, сохранялись до начала Северной войны 1700—1721 годов.
На территории монастыря похоронен отец великого русского композитора Н. А. Римского-Корсакова Андрей Петрович Римский-Корсаков, чиновник, волынский губернатор и действительный статский советник.
С 9 ноября по 9 декабря 1941 г. монастырь был захвачен гитлеровскими войсками.
Весьма интересна уцелевшая на протяжении многих лет роспись собора. Её автором является известный иконописец конца XVIII века ― Логин Шустов. Его фрески, написанные поверх утраченных прежде изображений, созданных мастерами новгородской школы в XVI столетии, дошли до нас в прекрасном состоянии.
Паломники видят чудеса в образах и желают удовлетворения своих просьб прикладываясь к старинным иконам.