...Поменялось и обозначение. Новый индекс ВАЗ-21099 как бы намекал, что речь идёт не о новой модели, а о модернизации существующей. Такая маленькая хитрость имела ещё одно следствие: она позволила произвести госприёмку по сокращённой программе, применяемой для модификаций, а не для новых моделей. Уже в 1988 году ВАЗ-21099 был готов к производству. Но вмешался кризис: в 1987 году прекратилось государственное финансирование запуска новых моделей... Выпуск переднеприводного седана начался не в 1988-89 годах, а только в самом конце 1990 года.
В зависимости от комплектации автомобиль ВАЗ-21099 производился в трёх вариантах. Наиболее простой вариант "Стандарт" комплектовался корбюратором с ручным управлением, бортовой системой контроля, панелью приборов от ВАЗ-21083 и обивкой дверей от ВАЗ-21093.
В исполнении "Норма" добавлялись противотуманные фары и подголовники задних сидений.
В варианте "Люкс" автомобиль получал карбюратор с полуавтоматическим управлением, бортовую систему контроля, электоростеклоподъёмники, противотуманные фары, панель приборов и обивку дверей от ВАЗ-2115, сидения с бархотной обивкой из растительного волокна, подголовники задних сидений.
Была и модификация ВАЗ-21099-22 с инжекторным двигателем. ВАЗ-21099-22 был не единственной моделью семейства, оборудовавшейся инжекторным двигателем. Такие моторы устанавливались также на ВАЗ-21083-20, ВАЗ-21093I.
В 2004-2011 ВАЗ-21099 выпускался на заводе АвтоЗАЗ. Эти машины комплектовались салоном от ВАЗ-2115.