Село Верхневилюйск было основано в Якутии, на берегу реки Вилюй в далёком 1637 году. История села начинается в XVII веке с приходом в эти края русских землепроходцев. Именно тогда было основано первое зимовьё, став опорным пунктом Царской Российской власти в этом регионе. К 60-м годам тут уже были Церковь, казначейство, коммиссарство, 7 жилых домов.
Статус сельского поселения Верхневилюйск получил только в 1896 году. Тогда население всего Верхневилюйского улуса насчитывало более 10000 человек, люди занимались рыбалкой, охотой, животноводством и традиционными ремеслами. В этом же году село стало развиваться как торговый пункт, т.к. там открылась крупная ярмарка, что также привлекало сюда новых жителей. В Гражданскую войну на территории Верхневилюйского улуса шло серьезное противостояние между красными и белыми силами, власть менялась несколько раз, но общими усилиями жителей и руководителей улуса удалось избежать крупных и кровопролитных сражений. После установления Советской власти се