Архитектура этого храма сразу обращает на себя внимание. Строение довольно необычное и явно имеет мало общего с древнерусской архитектурной традицией. Скорее напрашивается сравнение с какой-нибудь кирхой:) Это так называемое Петровское барокко. Подобных зданий в Москве очень мало. Стиль этот, возникший во время правления Петра Первого, широко использовался тогда в новой Российской столице. Самая знаковая постройка в стиле Петровского барокко — Петропавловский собор Санкт-Петербурга. А ещё здание Двенадцати коллегий на Васильевском острове. Все мы знаем, что Петр много путешествовал по Европе, а вернувшись захотел перенести на родную землю элементы западной культуры, в том числе и архитектуры. Новые здания, по замыслу правителя, должны были говорить об успешных преобразованиях в политической и социальной жизни, о реализованной идее выхода к морю и громкой победе в Северной войне. Для них характерна простота объёмных построений, чёткость членений и сдержанность убранства, высокие кровли «с переломом» голландского типа, башни со шпилями и двуцветная окраска штукатурки (например, красное с белым или синее с белым).
Первое упоминание церкви Петра и Павла на этом месте в Москве относится к 1695-му году. А строительство каменного храма на месте деревянного началось в 1705-м году. Петр Первый вообще активно способствовал основанию в стране храмов в честь своего небесного покровителя. Так были построены Петропавловские соборы в Азове, Брянске, Петрозаводске, Полтаве. Строительство Петербурга тоже, как мы знаем, началось с закладки церкви святых апостолов Петра и Павла. И вот взор императора пал и на деревянную церквушку в Первопрестольной. Видимо, он подумал, что негоже оставлять храм в Москве в таком неблаголепном виде и велел его перестроить. И не просто велел, а прислал собственноручно выполненный чертёж и две тысячи рублей на строительство. Надо отметить, что всего Петром было сделано восемь рисунков разных будущих храмов. Семь из них были выстроены в Северной столице, и только один — в Москве (все восемь рисунков хранятся в хранилище Исаакиевского Собора Санкт-Петербурга).
Строительство храма предположительно шло под руководством архитектора Ивана Зарудного. Летом 1708-го года освятили престол Петра и Павла, который был тогда в нижнем храме, и начали возводить верхний храм. Но осенью 1714-го года Петр издал указ о запрещении каменного строительства в Москве в связи с переносом столицы в Петербург и необходимостью его быстрой застройки. В результате строительство было остановлено. Достроили храм только в 1723-м году под руководством архитектора Ивана Мичурина. Колокольню же и вовсе возвели только в 1745-м под руководством Карла Бланка. В 1856—1868-м годах проводилась масштабная реконструкция здания. После революции в 1922-м году храм был передан обновленцам. Какое-то время, после сноса храма Христа Спасителя, он был кафедральным храмом Первоиерарха православных церквей в СССР. Но в 1934-м храм закрыли и сделали в его помещении склад. А с 1970-го года в здании располагалось ВНИИГеофизика, который разбил помещение храма на несколько дополнительных этажей. Вернули храм верующим в 1992-м году, а его реставрация началась только в 2020-м. Закончились реставрационные работы буквально вот только что:)