Накануне, 9 января, назначен статс-секретарём — заместителем министра Российской Федерации по делам гражданской обороны, чрезвычайным ситуациям и ликвидации последствий стихийных бедствий.
Хакасии Попов не чужой - с 14 ноября 2015 по 9 февраля 2018 года он был прокурором республики.
"Поработай, Денис!" - сказал ему при назначении тогдашний глава республики Виктор Зимин, когда прежнего прокурора, Виктора Ломакина, "ушли" за излишнее рвение при разборе полетов после огненной Пасхи 2015 года.
Попов поработал - при нем произошел ряд громких задержаний в правительстве Хакасии: были арестованы глава Госкомтарифэнерго, министр строительства, а в конце 2016 года было возбуждено самое громкое дело в новейшей истории Хакасии - дело руководителя администрации главы РХ Владимира Бызова.
Кроме того, Попов был известен своей борьбой с гололедом после того как поскользнулся и упал в центре города, недалеко от своей служебный квартиры по Кирова.
10 февраля 2018 года назначен прокурором Дагестана на пятилетний срок.
5 июня 2019 года утверждён Московской городской думой на должность прокурора города Москвы. Назначен на должность Указом президента России Владимира Путина 7 сентября 2019 года.
Фигурировал в ряде антикоррупционных расследований, в которых намекалось на недвижимость в Испании и Черногории.
12 августа 2024 года освобождён от должности прокурора Москвы в связи с выходом на пенсию. Его обязанности временно будет исполнять заместитель Сергей Савенков, но в качестве постоянного преемника рассматриваются другие кандидатуры.