На том месте, где сейчас располагается подворье, в 9-11-м веках было село Крутицы. Село занимало высокий (крутой) левый берег реки Москвы ниже устья реки Яузы. Отсюда и пошло название. Рядом с селом проходили оживлённые древние торговые пути, ведущие в Коломну и Рязань. Версии возникновения патриаршего подворья в Крутицах разнятся. Остановлюсь на самой распространённой из них. В 13-м веке большая часть населения Руси была угнана в ордынский плен. По велению Александра Невского в 1261-м году для церковного попечения несчастных в столице Орды была учреждена Сарская (или по-другому Сарайская из-за названия города Сарай-Бату) православная епархия. В 1272-м году, при князе Данииле Московском (сыне Александра Невского), Сарская епархия основала своё подворье в подмосковных Крутицах. В том же году здесь был освящён первый Петропавловский храм (хотя некоторые исследователи предполагают, что первой постройкой подворья стала церковь Успения Пресвятой Богородицы). Вокруг храма, как часто случалось в те далёкие времена, вырос Крутицкий монастырь.
В 15-м веке в Золотой Орде начался упадок, она ослабла, русское население в ней уменьшилось и Сарская епархия, соответственно, так же сократилась. В 1454-м году епископ Вассиан перенёс свою кафедру в Крутицы, став первым в истории епископом Крутицким, Сарским и Подонским. Все Сарайские архиереи оставили кафедру в ханской столице и стали проживать в Москве. А Крутицкая епархия очень быстро превратилась в одну из самых больших на Руси - в ней насчитывалось около 15 монастырей, 907 храмов и порядка 650 тысяч прихожан. Крутицкие епископы были ближайшими помощниками митрополита. В 1612-м году Крутицы стали главным религиозным символом России, так как Кремлёвский Успенский собор был захвачен, и здесь останавливались участники второго народного ополчения, чтобы дать клятву об освобождении Москвы. Позже подворье было разграблено отступавшими польскими наёмниками, но его восстановили и начался период небывалого расцвета! В 1650-м году началось возведение пятиглавой каменной Успенской церкви. В 1680—1690-х годах по проекту зодчего Осипа Старцева возвели изразцовый «Крутицкий теремок» над въездными воротами. Митрополит Павел Третий основал монастырскую библиотеку. При нём же завершилось строительство Митрополичьих палат. А ещё в подворье в то время был разбит один из первых в Москве декоративных садов.
К середине 17-го столетия Крутицы стали одним из излюбленных мест пребывания патриархов. Подворье стало крупным научным центром, в нём велась работа по переводу книг Священного Писания с греческого на церковнославянский язык. А некоторые подземные помещения выступали тогда в роли тюрем. Например, в 1666-м году в одном из них был заточён протопоп Аввакум (известный противник церковной реформы, идеолог и наиболее видный деятель старообрядчества). С упразднением патриаршества в 1721-м году Крутицкие митрополиты были понижены в ранге до епископов. В 1737-м Крутицкое подворье очень сильно пострадало от пожара. А в 1788-м году Крутицкая епархия была вовсе упразднена. Многие полуразрушенные здания тогда были снесены, а территорию подворья передали Военному ведомству. Здесь образовались Крутицкие казармы. Кстати, в одной из гарнизонных гауптвахт этих казарм юный Александр Герцен провёл несколько месяцев перед своей ссылкой.
То, что осталось от Крутицкого подворья, сильно пострадало во время Отечественной войны 1812 года. В 1838-м году было решено восстановить Воскресенскую церковь. Потом в 1868-м городская управа постановила восстановить Крутицкий теремок. В 1899-м отремонтировали Успенскую церковь и нижний Петропавловский храм. Но после октябрьской революции 1917-го года храмы Крутицкого подворья были снова разграблены. Сначала Успенский собор передали под организацию общежитий Московского военного округа, а позже и Воскресенский храм перестроили под жилой корпус. В 1964-м Успенский собор передали Обществу охраны памятников, а ещё через четыре года в нём разместили филателистический отдел Главкниги. В 1980-х годах в нём располагались экспериментальные научно-реставрационные производственные мастерские Общества охраны памятников. С лета 1982-го года часть территории подворья передали в аренду Государственному историческому музею. Верхний и нижний храм стали тогда использовать для хранения экспонатов, а несколько помещений оборудовали под выставочные залы. Но большая часть подворья по-прежнему принадлежала военным. Вплоть до 1996-го года тут была Московская гарнизонная гауптвахта. И кстати, в Крутицких казематах сутки после своего ареста провёл Лаврентий Берия. Только с 1991-го года здания подворья начали постепенно переходить под управление Русской православной церкви.