Исторический дебют "Лидс Сити" в Футбольной лиге состоялся 2 сентября 1905 года. Команда встретилась с "Брэдфорд Сити" на выезде, на стадионе "Вэлли Пэрейд". Матч собрал внушительную аудиторию в 15 000 зрителей, однако "Лидс" уступил со счетом 1:0.Несмотря на поражение, футбольный обозреватель Yorkshire Post отметил, что "Лидс Сити" не должен быть разочарован своим выступлением, поскольку команда создала несколько хороших моментов, но не смогла их реализовать.
Через неделю после дебюта "Лидс Сити" принимал на своем поле "Вест Бромвич Альбион" и снова потерпел поражение, на этот раз со счетом 2:0. Матч посетили 6 802 зрителя.Свое первое очко в лиге "Лидс Сити" набрал в третьем туре, сыграв вничью 2:2 с "Линкольн Сити". Этот матч посетили 3000 зрителей.
После двух поражений и ничьей в стартовых турах "Лидс Сити" одержал свою первую победу в сезоне, обыграв "Лестер Фосс" со счетом 1:0 благодаря голу Гарри Синглтона. Воодушевленный этим успехом, "Лидс Сити" собрал 13 654 зрителя на домашнюю победу 3:1 над "Халл Сити" неделей позже. Yorkshire Post отмечала приподнятое настроение на стадионе и хвалила игру "Лидс Сити", подчеркивая, что команда действовала умно и энергично на протяжении всей встречи. Особо был выделен Гарри Синглтон за его выдающееся выступление.
После победы над "Халл Сити" "Лидс Сити" продолжил набирать очки и поднялся на восьмое место во Втором дивизионе. В матче против "Халла" Дики Моррис забил два гола, а Фред Харгрейв - еще один. Команда продолжила свою хорошую форму в следующих девяти матчах, проиграв только один раз и набрав 13 очков из 18 возможных. "Лидс Сити" теперь демонстрировал достойный атакующий футбол, и толпы болельщиков приходили посмотреть на новых местных героев. Однако сильная победная серия "Лидс Сити" прервалась безголевой ничьей дома с "Челси" перед толпой 20 000 зрителей.
В декабре менеджер Гилберт Гиллис решил укрепить атаку, согласившись заплатить "Халл Сити" 120 фунтов стерлингов за их крепкого 22-летнего центрального нападающего Дэвида "Солдата" Уилсона. Уилсон приобрел опыт, играя в футбол во время прохождения военной службы в Гибралтаре, Индии и Южной Африке. Несмотря на свои густые усы, которые заставляли его выглядеть старше своего реального возраста, Уилсон был талантливым игроком, умевшим читать игру и находиться в нужном месте в нужное время. Он использовал свою мощную физическую форму, чтобы обеспечить себе преимущество перед соперниками. Дэвид "Солдат" Уилсон быстро стал любимцем болельщиков "Лидс Сити" после своего перехода. Его дебют состоялся 23 декабря 1905 года в матче против "Глоссопа", который "Лидс" выиграл со счетом 1:0. Уилсон произвел мгновенное впечатление, забив 13 голов в 15 играх в том сезоне. Приход Уилсона привел к резкому увеличению количества голов, забитых командой, и заметно повысил активность всей линии нападения. Газета "Лидс Меркьюри" высоко оценивала влияние Уилсона, даже когда он не играл.
Пик формы Уилсона пришелся на матч 3 марта против "Клэптон Ориент", когда "Лидс Сити" одержал разгромную победу со счетом 6:1 на "Элланд Роуд". Эта победа позволила команде подняться на шестое место в турнирной таблице. Серьезная травма Уилсона произошла 17 марта в матче против "Гримсби Таун". Газета "Лидс Меркьюри" описала этот эпизод так : "На первой же минуте "Лидс Сити " обнаружили, что судьба к ним не благосклонна: Уилсон, их классный центрфорвард, был сбит Макконнеллом, когда тот пробирался к воротам "Гримсби". Лидсовец катался по земле в агонии, и после того, как ему оказали помощь на боковой линии в течение нескольких минут, его пришлось увести с поля с разрывом связок на ноге".Эта травма вывела Уилсона из строя на восемь матчей, что серьезно повлияло на результаты команды в концовке сезона.
Травма Уилсона стала лишь началом череды проблем для "Лидс Сити". В матче с "Гримсби" пострадали и другие игроки команды из-за грубой игры соперников. Ситуация усугубилась перед матчем с "Челси", когда в распоряжении тренера осталось всего девять здоровых игроков.Из-за нехватки игроков тренеру Джорджу Свифту пришлось самому выйти на поле, хотя он не играл за уже три года. Несмотря на все усилия, "Лидс" проиграл "Челси" со счетом 0:4, что фактически похоронило надежды команды на повышение в классе. Матч против "Манчестер Юнайтед" 21 апреля запомнился не только поражением "Лидса" со счетом 1:3, но и проявлением футбольного хулиганства. После матча в судью Т. П. Кэмпбелла бросили кусок цемента, ранив его в нос. Этот инцидент вызвал осуждение в прессе, хотя большинство болельщиков вели себя достойно.
Несмотря на все трудности, "Лидс Сити" завершил свой дебютный сезон во Втором дивизионе на достойном шестом месте. Возвращение Дэвида Уилсона в последнем матче помогло команде одержать победу над "Глоссопом" со счетом 2:1.В целом, несмотря на травмы и инциденты с болельщиками, "Лидс Сити" продемонстрировал, что способен конкурировать во Втором дивизионе.