Второй закон Ньютона.
МД это не обязательно молекулы, это модель* динамики(движения) чего угодно, но чаще всего атомов или молекул. Просто исторически так сложилось, что первые модели описывали молекулярные структуры, например лёд. Поэтому так и называют - молекулярной динамикой
МД - это ВИРТУАЛЬНАЯ РЕАЛЬНОСТЬ строго работающая по 2-му закону Ньютона, во времени. МД - это компьютерная модель** атомов или молекул, описывающая их поведение как механическое, без учета их внутренней структуры.
Чтобы создать компьютерную модель, нужны уравнения, то есть нужна математическая/физическая*** модель. Уравнения связывают физические величины. В случае корабля, как впрочем и камня, это в первую очередь координаты в пространстве и времени (значит есть начало и начальное время отчета), масса и скорость.
Разрешение МД симуляции составляет 1 атом(молекула). Это просто система двигающихся материальных точек.
И еще есть разрешение во времени - это временной шаг. (Например в наших моделях обычно это 1 фемтосекунда. Но не более 5 фемтосекунд. Фемтосекунда - это время, которое меньше секунды в миллион миллиардов раз. Но даже за такое очень короткое время очень близкие атомы успевают взаимодействовать между собой, по крайней мере в модели. )
Компьютерная симуляция движения атомов (МД), это не просто какая-то анимация - мультик, здесь, все движения атомов подчинены второму закону Ньютона и уравнениям движения.
__________________________________________________________________________________________
- * компьютерная
- ** модель
Для того, чтобы спрогнозировать поведение реального объекта, например большого корабля, или пассажирского самолета или процесса, например процесса брошенного камня применяют упрощения - модели. Модель корабля, или самолета, может казаться игрушкой, но это не так. Или не всегда так...
Модель процесса полета камня (ну или космического корабля) может быть компьютерной.
Зная уравнения движения брошенного тела или падающего тела можно узнать, вычислить, в какой точке пространства xyz тело будет, через определенное время. А также, можно вычислить скорость, энергию...
- ***Физика, это еще и математика физических величин, многие из которых можно измерить с помощью приборов, например линейки, термометра, весов или часов.