В III веке нашей эры в христианстве, находившемся на положении религии изгоев, возникло движение анахоретов (греческое "ушедшие прочь"), которые удалялись из мира, поражённого грехом, и в отшельничестве вели непрерывную молитву за всех живущих на Земле. Из анахоретства позже возникло монашество, получившее от своего предшественника множество атрибутов, одним из которых является келья - жилище монаха, в котором он затворяется для поста и молитвы.
Первые христианские монашеские кельи появились в III веке нашей эры и представляли собой пещеры или хижины, обустроенные отшельниками в наиболее глухих и безлюдных местах, в которых они закрывались (затворялись) от мира, посвящая всё своё время посту и молитве. Некоторые анахореты брали для себя в кельях дополнительные подвиги, такие как столпничество (стояние и молитва на специальном столпе), нележание (когда монах отказывался от сна), обет молчания и тому подобное. Со временем христианские монахи начали объединяться в общины-монастыри, в которых кельи стали важным элементом как жильё и место молитвы отдельного монаха.
Первоначально в монастырях был более распространён особожительный устав, согласно которому монахи жили отдельно друг от друга, собираясь вместе только для работы и молитвы в церкви, соответственно, и кельи представляли собой отдельные домики для монахов, в которых не было ничего лишнего, в некоторых было нельзя даже встать в полный рост. В XIV веке благодаря стараниям Сергия Радонежского в русских монастырях был принят общежительный устав, по которому монахи проживают вместе в братских корпусах, а келья стала маленькой комнатой на одного монаха, в которой всё также нет ничего лишнего, только иконы, полка для духовных книг, стол и топчан для сна. Келья для монаха была не совсем жильём, она была для него местом подвига, в котором он молился, рукодельничал или читал духовные книги, не проводя ни минуты в праздности - самом страшном враге монашествующих, за чем строго следит игумен. Со временем братские корпуса появились во всех монастырях, но и индивидуальные кельи никуда не исчезли, теперь они назывались пустыньками, строились в наиболее глухих местах, где с трудом можно встретить другого человека и удаляться туда могли только умудрённые жизнью монахи с большим опытом монашеской жизни и недюжинной силой духа, без которой не возможно выдержать полную изоляцию.
Как важный составной элемент монастыря и место молитвенного послушания монаха, келья благополучно пережила все потрясения и в церковной традиции получила ещё одно значение, так называют любое человеческое жилище, где славят Господа и труд - важные составные части жизни и монаха, и мирянина.