Храм Архангела Михаила приобрел свой нынешний облик после капитальной перестройки прежнего каменного здания в 1830-е гг. Проект реконструкции принадлежал московскому архитектору Ф. М. Шестакову, работавшему в стиле классицизм. До революции к храму была приписана часовня мученика Иоанна Воина при городской тюрьме. В 1936 году Михайловская церковь была закрыта, а ее помещения до 2007 года принадлежали коломенскому краеведческому музею.
В XVI веке в Коломне существовало два деревянных храма с похожими названиями: в честь Чуда Архангела Михаила в Хонех и в честь Собора Архангела Михаила. Между Маринкиной и Грановитой башнями Коломенского кремля были пробиты ворота, названные по расположенным неподалеку двум церквям Михайловскими. Находившаяся напротив этих ворот слобода также получила имя Михайловской. В 1700 году в этой слободе был построен первый каменный Михаило-Архангельский храм, который в XIX веке несколько раз перестраивался и расширялся.
В 1870 году викарий Московского митрополита епископ Можайский Игнатий Рождественский совершил поездку в Коломну, во время которой посетил церкви этого подмосковного города (а их на тот момент насчитывалось 19). В отчете об этой поездке указывалось, что храм в честь Собора архистратига Михаила был построен в 1833 году на средства купцов Романа, Авксентия, Якова Колесниковых и Вавилы и Василия Константиновых. На 1870 год, кроме главного Михайловского, в храме было еще два придела – в честь Казанской иконы Божией Матери и во имя Трех Святителей. Впоследствии был устроен и четвертый придел мучениц Веры, Надежды, Любови и матери их Софии.
Святыней Михаило-Архангельского храма до революции была икона Казанской Божией Матери, в честь которой в 1860-х годах в церкви и был устроен один из приделов. Икона также дала название Казанскому приходскому попечительскому обществу, которое собирало средства на помощь бедным, занималось устройством богадельни и школы, организовывало паломнические поездки. Организатором попечительства был настоятель храма в 1901-1912 гг. священник Панкратий Милославин. При нем в 1906 году вскоре после канонизации преподобного Серафима Саровского в храме был устроен пятый придел в честь недавно прославленного угодника.
Панкратий Милославин родился в 1876 году в Москве в семье псаломщика. По семейному преданию мать еще до его рождения дала обет Богу посвятить сына церкви. Старший ребенок беременной женщины тяжело заболел скарлатиной. Врачи не верили, что выживет, но он неожиданно пошел на поправку, а мать благополучно родила второго мальчика, которому дали имя в честь великомученика Панкратия. В детстве Панкратий мечтал стать моряком или музыкантом, но узнав про обет матери, поступил в семинарию.
Окончив семинарию, Панкратий женился на дочери священника Михайловской церкви Коломны Николая Федоровича Розова и сам принял священнический сан. Дед супруги служил в Михаило-Архангельской церкви еще с середины XIX века. В 1901 году настоятелем храма вместо почившего тестя стал сам отец Панкратий. Его служение было отмечено оживлением приходской жизни.
Перед революцией отец Панкратий был переведен из Коломны в храм Успения Богородицы в Гончарах в Москве. В 1919 году священник вместе с семьей бежал из голодной Москвы к родственникам. Вместе с женой и восемью детьми остановился в селе Доброе Тамбовской губернии. Во время гражданской войны эти земли часто переходили из рук в руки. Когда после отступления белогвардейцев Доброе заняли части Красной армии, священник был арестован и приговорен к 10 годам тюрьмы. Никаких сведений о дальнейшей судьбе бывшего настоятеля коломенского храма Архангела Михаила не осталось. Вероятно, в том же 1919 году он был расстрелян.
Искусствовед О. П. Булич писала:
Невольно останавливает на себе внимание художественной обработкой классических мотивов округлый, обрамленный рядом тонких коринфских колонок, верх Архангельской церкви… Впечатление этого верха заставляет забыть общую растянутость всего здания.
Авторы книги "По Оке от Коломны до Мурома" отмечали не только высокий уровень архитектуры церкви, но и ее почти светский облик, напоминающий гражданскую постройку. Действительно, с 1936 по 2006 годы храм исполнял функции светского учреждения.
В 1936 году в закрытой церкви Архангела Михаила был открыт отдел Коломенского музея революции. На торжественном открытии побывал известный польский коммунист Феликс Кон. Отдел, разместившийся в здании церкви, был посвящен событиям 1905 года в Коломне. В газетах того времени музей в бывшей церкви описывали так:
Светлый просторный зал. Стенды красные, голубые, зеленые, черные – на фоне серого холста прекрасно гармонируют со строгими архитектурными линиями помещения.
В 20 метрах от Михаило-Архангельского храма в середине XIX века была воздвигнута часовня святого Иоанна Воина с чтимой иконой этого святого. Часовня находилась в ведении Коломенского уездного отделения попечительного комитета о тюрьмах. Духовное окормление заключенных осуществляли священники из ближайшей Михайловской церкви. В советские годы часовня Иоанна Воина была перестроена и соединена с одним из корпусов тюрьмы.
Эта часовня была второй по счету на Гражданской улиц, которая до революции называлась Поповской улицей. В старой Коломне было множество часовен, и в каждой хранилась своя чтимая святыня. В книге 1928 года дано характерное для советского времени, но при этом содержательное описание религиозных обычаев жителей дореволюционной Коломны:
Развлечением мещан служили частые крестные ходы, да хождения по многочисленным часовням города, известным своими "чудодейтсвенными" свойствами: к Параскеве Пятнице (часовня у Пятницких ворот) ходили избавляться от зубной боли, в часовню Ивана-Воина (Поповская улица) шли жаждущие "утешения" сердца и исправления денежных дел, а к Страстной Божией Матери (вторая часовня на Поповской улице) приходили с молитвой об исцелении младенца.
Хотя исторически главным коломенским храмом считался Успенский собор в кремле, о большом значении Михайловской церкви говорил тот факт, что в конце XIX столетия должность церковного старосты здесь исполнял городской глава Коломны.