Распространение учения Будды в Алари напрямую связано с именем тайши Василия Баймина, основателя большого сильного рода Баторовых. В 1811 году, в 70-летнем возрасте он со своими людьми ездил верхом на лошади в Забайкальск к Хамбо-ламе, где принял буддизм. Василий Баймин испросил разрешения у Хамбо-ламы о строительстве дацана в Алари, и, получив благословение, вернулся в Аларь в сопровождении нескольких лам.
Строительство дацана, начатое отцом, завершил сын Василия Баймина, Батор. Василий Баймин не дожил до торжественного дня открытия храма, умер в 1813 г.
В 1814 году строительство храма было завершено, и его освятили.
Аларский дацан поражал своей необычной архитектурой: это был очень красивый, опоясанный колоннами, четырехярусный Цогчен-дуган. Его архитектура уникальна для бурятских дацанов, в ней присутствует сильное влияние классического европейского стиля. Общее построение композиции отталкивается от ярусности первых бурятских дацанов. Влияние классицизма проявилось в применении линейного силуэта (здание вытянуто по оси юг-север), а также в устройстве фронтона над входом. В других зданиях дацанов фронтонов на южных фасадах не было. Также в дацанах никогда не использовались арочные конструкции. Наличие элементов классицизма говорит о воздействии русской культуры, которая к тому времени уже доминировала на территории тогдашней Иркутской губернии.
Помимо главного храма Цогчен-дугана, при дацане были построены два сумэ (малый храм): Аюши и Цаган-Эбугэн.
Шираб-лама Алдар Долгоржапов: «Аларский дацан в прошлом был центром просвещения и культуры Иркутской губернии. Важным моментом его развития стала помощь врачей-тибетологов, которые привезли в Аларь излечение не только душевное, но и физическое — тогда медицина была слабо развита. В советское время Аларский дацан разрушили: по одной из версий, его взорвали и сожгли, по другой — разобрали, а из стен построили школьную прачечную и столовую. К счастью, через всё это прошла целой и сохранилась по сей день Ламская роща — хвойные деревья и лекарственные травы, завезенные еще в 1894 году ламами из Непала».
Аларские ламы собственноручно заложили свой сад. В этом плане аларские ламы кардинально отличались от своих восточных коллег, которые строго придерживались правил винаи (запрет заниматься физическим трудом).
Вот как писал об Аларском дацане ученый и общественный деятель Цыбен Жамсарано: «построен на ровном месте, деревянный, небольшого размера, продолговатой формы. Вокруг посажены деревья и образуют приличный садик. Особенно хорош садик на восточной стороне дацана, огороженный особо. Нынешний ширетуй (настоятель) с замечательной любовью ухаживает за садиком, который растет с удивительной быстротой. Здесь растут ель, кедры, пихты, лиственницы, яблони, черемухи, смородины, крыжовники и прочих цветов диких масса, как и во всей Алари... Впечатление от садика прекрасное, какое-то нежное, миленькое. С прошлого, 1902 года ламы стали разводить огород: картофель, капусту, горох, лук, редьку и т.д., всего понемножку для пробы и довольны».
Величественные сосны, пихты и кедры из ламского сада, напоминают часовых, которые денно и нощно охраняют буддийскую святыню от посягательств.
Первым ширетуем (настоятелем) в Аларском дацане был бурят из улуса Хига (ныне Аларь) Чайван Самсонов, затем - Сондопил Чайванов.
В дацане обучали хувараков (учеников-послушников) тибетской грамоте, изготовлению лекарств, лекарскому делу, ламаистским ритуалам. Эмчи-ламы лечили людей со всей округи. Поэтому неподалеку от дацана располагались дома для паломников, приезжавших из Нукутов, Баяндая, Эхиритов и других территорий. Стояли огромные конюшни для их лошадей, дома, юрты, где люди могли остановиться.
В 1888-1890 гг. в Аларском дацане служил будущий XII Пандито Хамбо Лама, известный во всём мире Даши-Доржо Итигэлов, нетленное тело которого сегодня является одной из главных духовных достопримечательностей Иволгинского дацана республики Бурятия.
Возрождение дацана началось благодаря сплоченной работе многих аларцев: историка Мохосоева В.Б., поэтов Тумурова С.Н. и Махачкеевой С.Ц., уроженцев Алари - представителей Иркутского землячества "Приангарье" и аларской диаспоры в г. Улан-Удэ. В 2006 году был установлен субурган, а 18 февраля 2007 года он был освящен.
Новое здание Аларского дацана было возведено в 2016 году. Руководил строительными работами О.В. Халудоров.