Является официальным государственным символом Еврейской автономной области, как субъекта Российской Федерации.
Ныне действующий флаг утверждён 27 ноября 1996 года и внесён в Государственный геральдический регистр Российской Федерации с присвоением регистрационного номера 102.
23 апреля 2008 законом Еврейской автономной области № 369-ОЗ, предыдущие законы были признаны утратившими силу и утверждено новое, незначительно изменённое, описание флага:
Флаг Еврейской автономной области представляет собой белое прямоугольное полотнище, на горизонтальной оси которого расположена цветная полоса, символизирующая радугу и состоящая из семи узких горизонтальных полосок, расположенных сверху вниз в следующем порядке: красной, оранжевой, жёлтой, зелёной, голубой, синей и фиолетовой, ширина каждой из которых равна 1/40 ширины флага, разделённых между собой узкими белыми горизонтальными полосками, ширина каждой из которых равна 1/120 ширины флага. Отношение ширины флага к его длине составляет 2:3.
При размещении флага вертикально цветные полоски на нём должны быть расположены в порядке, изложенном выше, слева направо, если стоять к флагу лицом.
Белый цвет полотнища олицетворяет чистоту.
Радуга, библейский символ мира, счастья, добра. Количество полос радуги равно количеству свечей в меноре, одном из национально-религиозных еврейских символов. Менора говорит о сотворении мира в семь дней, а количество полос радуги подчёркивает связь с древним еврейским символом. Также радуга может символизировать и Семь законов потомков Ноя.
В связи с введением законодательства о запрете пропаганды ЛГБТ в России, флаг ЕАО неоднократно обвиняли в сходстве с символикой ЛГБТ-сообщества. Проведённый в 2013 году опрос среди жителей автономной области на сайте биробиджанского информагентства EAOmedia, показал, что почти половина опрошенных жителей "смущены флагом, либо выступают за его смену". Проверка, проведённая в том же году Геральдическим советом при Президенте РФ, не обнаружила признаков пропаганды нетрадиционных сексуальных отношений.
В 2022 году губернатор ЕАО Ростислав Гольдштейн заверил, что на флаге автономной области изображён "библейский символ, не имеющий ничего общего с флагом ЛГБТ" и призвал не путать эти два флага.