Атмосфера Юпитера - крупнейшая планетная атмосфера в Солнечной системе, состоящая преимущественно из водорода и гелия. Она не имеет чёткой нижней границы, поэтому плавно переходит в океан из жидкого водорода, как полагают учёные. В атмосфере Юпитера постоянно происходят разнообразные активные явления: вихри (циклоны и антициклоны), бури и молнии.
Вихри выглядят как крупные красные, белые и коричневые пятна или овалы. Два крупнейших вихря, которые называют Большое красное пятно (БКП) и Овал ВА имеют красноватый оттенок. Овал BA — официальное название для красноватого вихря в южном полушарии Юпитера. Овал часто упоминается ещё как «Малое красное пятно». Если БКП было открыто Джованни Кассини ещё в 1655 году, то Овал BA астрономы заметили только в начале 2000-х после слияния трёх небольших вихрей.
В июле 2016 года космический аппарат «Юнона» (NASA) вышел на полярную орбиту Юпитера, открыв на южном полюсе шесть циклонов, которые образовывали близкий к правильному пятиугольник. На северном полюсе Юпитера были обнаружены девять циклонов меньшего размера: один в центре и восемь вокруг него диаметром до 2800 км каждый, образуя близкий к правильному восьмиугольник. Все циклоны вращаются против часовой стрелки.
В отличие от южного полюса, на котором в 2019 году к пятёрке периферийных циклонов прибавился шестой, сформировав правильный шестиугольник, на северном данная конструкция «1+8», по крайней мере до конца 2020 года, оставалась стабильной. По мнению учёных, её стабильность обеспечивается стремлением периферийных циклонов отталкивать друг друга и смещаться к полюсу, в то время как центральный циклон стремится отталкивать их всех. Центральные части циклонов имеют более насыщенный цвет, отличающийся от фонового. Вокруг них вьются несколько циклонов поменьше, диаметром до 1000 км, некоторые из которых вращаются и по часовой стрелке.
На северном полюсе Юпитера расположено открытое в 2000 году так называемое Большое рентгеновское пятно, пульсирующее с периодом около 45 минут и видимое только в рентгеновском диапазоне. Аналогичное пятно есть и на Южном полюсе, но там оно существенно меньше. Впервые изображение этого явления было получено рентгеновской орбитальной обсерваторией Чандра (NASA)18 декабря 2000 года. Природа этого явления пока не получила объяснения.