К моменту появления постановления Совета Министров СССР о строительстве новых зданий Московского университета на Ленинских (Воробьёвых) горах книжные фонды библиотеки МГУ составляли уже почти 2 миллиона томов. Поэтому в проекте застройки предусматривались специализированные помещения для библиотек факультетов, которые туда переедут. Новая концепция организации библиотеки университета заключалась в создании единой сети, включающей отраслевые отделы на факультетах, при сохранении централизованного управления, методического руководства, комплектовании и научной обработке литературы.
По приказу министра высшего образования СССР в 1948 году началась масштабная переинвентаризация (переучёт) архива и имущества книгохранилищ университета. В её ходе шёл отбор книг по естественным и точным наукам для библиотеки в новых зданиях на Воробьёвых горах и редких книжных изданий. До 1953 года фонды библиотеки интенсивно готовились к переезду и перемещались в новые здания по мере ввода помещений в эксплуатацию. 1 сентября 1953 года вместе с переехавшими на Ленинские (Воробьёвы) горы естественными факультетами открылись и отраслевые отделы библиотеки МГУ, а в Главном здании МГУ появились: центральный абонемент, две учебные библиотеки, абонемент для рабочих и служащих МГУ, читальные залы периодики и технической литературы, МБА (межбиблиотечный абонемент). Особым достижением стал сводный (центральный) каталог, основанный на новой, недавно внедрённой системе классификации, которая была окончательно сформирована в том виде, в котором используется сейчас, в начале 60-х годов ХХ века.
В старом здании библиотеки продолжили работать фонды по профилю оставшихся на Моховой улице факультетов Московского университета, но в конце 1960-х годов, в связи с переездом ряда гуманитарных факультетов на Ленинские горы, книжные собрания соответствующего профиля также последовали за ними. В 1971 году в 1-м ГУМе (Первом гуманитарном корпусе) появилась библиотека исторического, филологического, философского, юридического профиля, в которой было 7 читальных залов на 500 мест, два абонемента учебной и художественной литературы, сектор справочно-библиографической работы и два каталога ‒ алфавитный и систематический. В 1982 году открылся 2-й ГУМ (Второй гуманитарный корпус), куда были переведены отделы обслуживания библиотеки по профилю расположившихся там факультетов: экономического и вычислительной математики и кибернетики (ВМиК).
К этому времени книжный фонд вырос до 7 миллионов томов, и библиотека вновь ощутила нехватку площадей. Кроме того, расширение и без того столь обширной системы «бумажных» каталогов затрудняло эффективный поиск необходимой литературы. В связи с этим в библиотеке был создан новый отдел ‒ компьютеризации информационно-библиотечных процессов. В 1990 году разработку электронной библиотечной системы «Библиотека» завершили, внося в электронный каталог библиографических описаний все издания, поступавшие с 1990 года, а также диссертации, защищённые в МГУ. С 1996 года базы данных библиотеки были интегрированы в Интернет.
Процесс перехода библиотеки на современные компьютерные технологии потребовал радикального пересмотра всего процесса так называемого «пути книги» от заказа в издательстве до кафедры выдачи в читальном зале. Это повлекло за собой существенные изменения в организационной структуре библиотеки, появление новых «Правил пользования Научной библиотекой МГУ имени М. В. Ломоносова» (1987). В состав библиотеки ввели новые отделы: устной истории, фонодокументов, книг на электронных носителях и пр.
К концу ХХ века книжное собрание Московского университета достигло 8 миллионов томов, и вновь встал вопрос о строительстве нового здания. В это время Московский университет вместе со всей страной готовился отметить свой 250-летний юбилей. В связи с этим постановлением Правительства РФ ещё в феврале 1993 года было принято решение о выделении Московскому университету пустующей территории по Ломоносовскому проспекту в Москве для использования в учебных и научных целях. Для комплексной застройки этой территории привлекли специалистов Института общественных зданий Росстроя РФ (главный архитектор Г. Н. Цытович), которые разработали генеральный план и проекты новых зданий Московского университета. И первым из этих зданий, построенных к юбилею Московского университета, стала Фундаментальная библиотека МГУ.
25 января 2003 года состоялась закладка капсулы с посланием потомкам в основание строящегося объекта, а 25 января 2005 года в присутствии большого числа профессоров, преподавателей, студентов МГУ, множества гостей здание библиотеки было торжественно открыто. В помещениях общей площадью 55 000 кв. м разместилось книгохранилище на 5 миллионов томов, 25 общих и специализированных читальных залов, рассчитанных на 3 000 читательских мест с доступом в Интернет, более ста специализированных кабинетов для отделов и сотрудников библиотеки, электронный и традиционные «карточные» каталоги. Кроме библиотеки в здании были размещены зал Учёного совета МГУ, Музей истории МГУ, конференц-зал на 1 200 мест и две аудитории-трансформеры для лекционных и семинарских занятий на 300 и 100 мест.
После переезда в новый книжный фонд прежние помещения книгохранилища на Моховой улице были переданы под нужды библиотек факультетов, оставшихся в старом университетском квартале. Это факультеты психологии, журналистики, искусств и Института стран Азии и Африки.
По мере ввода в эксплуатацию новых учебных корпусов расширялось число отделов библиотеки МГУ, обслуживающих размещённые в них факультеты. Так, в 2008 году в Шуваловском корпусе (на новой территории МГУ) был организован отдел библиотеки для обслуживания факультетов государственного управления (ФГУ), исторического, философского и факультета политологии. В связи с вводом в строй здания юридического факультета (4-й гуманитарный корпус) там сформировали соответствующий отдел книжного фонда правового и юридического профиля и пр. Все эти изменения вошли в 2011 году в новое «Положение о Научной библиотеке Московского государственного университета имени М. В. Ломоносова», которое ныне регламентирует деятельность подразделения в составе Московского университета.
Сегодня Фундаментальная библиотека МГУ располагается в 17 зданиях. В структуре библиотеки ‒ 45 отделов. Ежегодно библиотека обслуживает 57 000 читателей. По приблизительным оценкам, её книжный фонд составляет более 10 миллионов экземпляров литературы, в том числе 4,5 миллиона зарубежных изданий. В 2020 году объём электронного каталога научной библиотеки МГУ составил 880 000 записей.
Автор: доктор исторических наук, профессор кафедры истории и правового регулирования отечественных СМИ факультета журналистики МГУ имени М. В. Ломоносова Д. А. Гутнов
Дизайн: А. А. Магера