Сюжет сериала «Дюна: Пророчество» разворачивается за 10 148 лет до рождения Пола Атрейдеса, спустя 116 лет после окончания Батлерианского джихада — ключевого события в истории вселенной «Дюны».
По сюжету сестры Валя и Тула Харконнен создают могущественный женский орден Бене Гессерит. Он последующие тысячелетия будет тайно управлять развитием человечества.
Высшая цель Бене Гессерит — рождение Квисатц Хадераха, мужчины, который будет обладать доступом к генетической памяти всех предков по мужской и женской линиям, даром предвидения и другими экстрасенсорными способностями. Согласно доктрине ордена, только он сможет обеспечить выживание и процветание человечества.
Для реализации плана Бене Гессерит организовали глобальную селекционную программу, на протяжении тысячелетий манипулируя человеческими отношениями и устраивая междинастические браки. Особое внимание уделялось двум наиболее перспективным ветвям — Атрейдесам и Харконненам.
Большое внимание уделено интригам и борьбе за власть при дворе падишах-императора Джавикко Коррино.