В IX веке Древнерусское государство сформировалось из союза племён Северной Руси, в который входили не только славяне, но и финно-угры, важное место среди которых занимал народ весь (вепсы), столицей которых был город Белозерск с мощной крепостью, ставшей впоследствии центром одного из самых сильных княжеств Северо-Восточной Руси.
Согласно данным летописей и археологических раскопок город Белозеро возник не ранее середины IX века на месте, где позже стояло село Крохино (в 1961 году оно было затоплено при наполнении Шексинского водохранилища). Место, где располагалось Белозеро, было крайне выгодным географически, находясь на перекрёстке водных путей, связывавших Арктику, Северо-Западную Русь и Поволжье, поэтому новый город развивался очень быстро, к концу Х века город Белозеро занимал площадь в 41 гектар на правом берегу Шексны, а в начале XI века шагнул на её левый берег. Процветанию Белозера не могло помешать ничто: ни княжеские междоусобицы, ни народные восстания, ни стихийные бедствия (Белозеро стоит на карстовых известняках, поэтому гигантские провалы грунта и прорывы грунтовых вод на поверхность здесь - явление обыденное), к началу XIII века это был один из самых больших и богатых городов Руси. Монголо-татарское нашествие положило конец процветанию Белозера, хотя монгольские завоеватели до этих мест не дошли, они разорили главных торговых партнёров Белозера, Великое княжество Владимирское и Волжскую Булгарию, что, наряду с непрекращающимися княжескими междоусобицами привело к длительному кризису в городе, черту под которым подвела пандемия чумы 1352 года, после которой население Белозера полностью вымерло. Согнанные на восстановление Белозера через 12 лет люди побоялись заходить в мёртвый город и построили его заново в 17 километрах к западу, где Белозёрск располагается и поныне.
XV-XVI века - время рассвета Белозера под властью великих князей московских, как важный торгово-ремёсленный центр, находящийся на пересечении торговых путей, связывавших север и юг России, город бурно развивался, а его золотой век охранял могучий деревянный кремль колоколообразной формы в плане с 8 башнями и 3 воротами (одни позже заложили), расположенными на земляном валу высотой 13 метров, сохранившемся до сих пор. Во второй половине XVI века вследствие смещения торговых путей в сторону Северной Двины и Архангельска в Белозере начался экономический кризис, но начало Смутного времени внесло в души белозёрцев неоправданный оптимизм, вызванный мнением, что в их глухомань интервенты не доберутся. Летом 1612 года польско-литовские войска всё же подошли к Белозеру и после непродолжительного штурма взяли его на меч, старый кремль не смог оказать захватчикам достойного отпора и вместе с городом был сожжён ими дотла. После этого разгрома Белозеро уже не оправилось, став тихим провинциальным городом, а руины стен и башен Белозерского кремля простояли до конца XVIII века, когда их окончательно разобрали, в то время как земляной вал сохранился до сих пор и является объектом культурного наследия народов России федерального значения.