В последние годы своей жизни в России она оказалась в гуще всех событий, заливающих страну ненавистью и кровью.
В годы Первой Мировой войны Мария Фёдоровна большую часть времени проводила в Киеве,где занималась организацией работы госпиталей и мнорочисленных санитарных поездов. Именно из Киева вдовствующая императрица приехала в Могилев, когда узнала об отречении сына от престола.
Здесь в её поезде мать и сын увиделись последний раз в жизни.
В апреле 1917 года вдовствующая императрица с остатками Романовых была отправлена Временным правительством в Крым.
В октябре, когда к власти пришли большевики,они фактически находились под домашним арестом.
Её сестра-английская королева Александра- умоляла сестру покинуть Россию, но Мария Фёдоровна отказывалась, отвечая ей в письме: «Никому не ведомо, как сильны мои терзания, но мне кажется, я поступлю правильно, если останусь здесь и буду держаться до последнего».
С большим трудом, когда Красная Армия уже приближалась к Ялте, близким удалось уговорить Марию Фёдоровну выехать из страны.
7 апреля 1919 года вдовствующая императрица Мария Федоровна была вынуждена навсегда покинуть Россию на военном корабле «Мальборо». «Я испытываю тяжелые, к тому же еще и горькие чувства из-за того, что мне таким вот образом приходится уезжать отсюда по вине злых людей! — написала она тогда в своем дневнике. — Я прожила здесь 51 год и любила и страну, и народ. Жаль! Но раз уж Господь допустил такое, мне остается только склониться перед Его волей и постараться со всей кротостью примириться с этим».
До конца своих дней она не желала принимать страшную правду о смерти двух сыновей, невестки, пяти внуков и других родственников.
13 октября 1928 года, в возрасте 80 лет, бывшая российская императрица умерла в Копенгагене. Отпевали Марию Федоровну по православному обряду в русской церкви, построенной её мужем Александром III.
Похоронили её по праву рождения рядом с предками в соборе Роскилле.
Она завещала своим дочерям временно похоронить её в Дании, а как позволят обстоятельства перезахоронить рядом с мужем в Петропавловском соборе.
28 сентября 2006 года ее прах из датской королевской усыпальницы перенесли в собор святых Петра и Павла Петропавловской крепости в Санкт-Петербурге.