Правительство Вологодской области курирует проект создания в Шексне очистных систем. Несколько установок ультрафиолетового обеззараживания сточной воды привезены в посёлок вологодской компанией для улучшения экологической обстановки. Многие населённые пункты в Шекснинском районе испытывают проблемы с качеством воды: её чистоту необходимо довести до минимальных нормативов. Сточные воды районного центра нуждаются в очистке, власти привлекают к этому местные компании. Состояние реки беспокоит не только жителей Шексны. Сине-зелёные водоросли и запах хлорки на реке в этом году тревожат череповчан. В сентябре Мэр Вадим Германов отмечал, что в одном литре воды находится 5 миллионов и 800 тысяч клеток водорослей. В августе стало известно о планах по созданию очистных сооружений в Шексне. План будет реализовываться в долгосрочной перспективе, он рассчитан до 2026 года. Проект более масштабный, чем в посёлке Кипелово, которая обеспечена чистой влагой: он призван снабдить ей деревню Нифантово и р