Священномученик Алексий родился в селе Нагорново Дмитровского уезда Московской губернии в семье псаломщика Семена Никологорского. В 1889 г. Алексей Семенович окончил духовную семинарию и был рукоположен во священника, первым местом служения пастыря было село Волочаново Волоколамского уезда Московской губернии.
Священномученик Алексий был арестован в 1930 г. он был приговорен к двум годам лагерей по обвинению в неуплате налогов, однако через три месяца дело было пересмотрено и отец Алексий был освобожден. После освобождения пастырь переехал в Тверскую епархию, служил в храме святых Косьмы и Дамиана в селе Плотниково Ржевского района.
Супруга отца Алексия к тому времени умерла, шестеро детей разъехались, с пастырем жила только дочь Александра.
24 октября 1937 г. отец Алексий был арестован по обвинению в «антисоветской агитации» и заключен в Ржевскую тюрьму.
На допросах следователь спрашивал о его имущественном положении до и после революции, отметил долгую службу священника, его церковные награды и то, что он занимал ответственные церковные должности. Но в ответах священника он не нашел ничего, что можно было интерпретировать как преступное, антигосударственное деяние, и тогда, запугивая о. Алексея, сказал:
- Следствие располагает данными о проводимой вами антисоветской деятельности среди населения, расскажите о ней подробно.
- Антисоветской деятельности среди населения я не проводил и виновным себя в этом не могу признать, – ответил священник.
- Расскажите о вашей антисоветской деятельности среди населения, – потребовал следователь.
- Я как священнослужитель, преданный своему делу, неоднократно произносил проповеди, в которых касался исключительно истинной православной веры, не позволяя в них ничего антисоветского.
25 ноября Тройка НКВД приговорила священномученика Алексия Никологорского к расстрелу. 27 ноября 1937 г. он был расстрелян в Ржеве и погребен в безвестной могиле.