Храм Сошествия Святого Духа на Апостолов возник на месте памятной часовни, устроенной на Никольском кладбище Сергиева Посада. Храм возвели на пожертвования прихожан соседней Успенской церкви в 1832 году, когда в России отмечалась двадцатилетняя годовщина Отечественной войны. В 1840 году на средства купца И. И. Шапошникова при храме была возведена колокольня. В советские годы храм был разрушен, но колокольня чудом уцелела.
На территории Троице-Сергиевой лавры находится четырехгранный обелиск, посвященный историческим событиям, когда монастырь преподобного Сергия содействовал спасению России. На каждой стороне столпа помещены четыре мраморные доски с кратким описанием исторических заслуг лавры. На южной стороне обелиска можно прочесть о благословении преподобным Сергием Радонежским великого князя Дмитрия Донского на битву с Мамаем в 1380 году. На восточной стороне упоминается долговременная осада Троицкой обители поляками в 1608-1610 гг. На северной стороне памятника говорится о долгожданном мире с Речью Посполитой, заключенном в 1618 году недалеко от Лавры в с. Деулино. На западной стороне обелиска в заслугу лаврским стенам ставится спасение царя Петра I во время стрелецких бунтов.
Обелиск был установлен в 1792 году по инициативе митрополита Московского и Коломенского Платона (Левшина), который одновременно являлся и священноархимандритом Троице-Сергиевой лавры. Иерарх не знал еще о новом грядущем бедствии для страны – нашествии Наполеона и разорения Москвы в 1812 году. Московский митрополит Платон скончался в ноябре 1812 года вскоре после освобождения Москвы – это совпадение казалось многим промыслительным. Ректор семинарии произнес у гроба митрополита Платона такие слова:
«Церковь и Отечество, сообщая друг другу внезапные горести, сокрушаются сердцем, озирая развалины прекрасной столицы, и видя во гробе беспримерного ее иерарха; там святыню поруганную, здесь блюстителя святыни бездыханного»
Кладбищенская Свято-Духовская церковь строилась как памятник погибшим в Отечественной войне русским солдатам и в благодарность Богу за избавления Лавры от поругания. Несмотря на то, что Сергиев Посад находился далеко от движения наполеоновских войск и главных сражений 1812 года, по преданию, Бонапарт, находясь в Москве, вынашивал идею захватить и разграбить Троице-Сергиеву лавру. Чудесное заступничество преподобного Сергия Радонежского помешало этим дерзким планам.
Идею о чудесном спасении Троице-Сергиевой лавры от Наполеона высказал и сам митрополит Платон в послании к Святейшему Синоду в 1812 году:
«Острое лезвие кровавого меча извивалось над несчастными сынами первопрестольной матери… новорожденный Иулиан [Наполеон – новый Юлиан Отступник] бешенствовал против Неба, и потрясал в Москве самое сердце земли: между тем, Лавра и Вифания, по судьбам Провидения, не испытали на себе пагубоносных перунов…И – странное чудо! От Москвы, где огнь истощил силу, к Лавре и Вифании не более расстояния, как с одной стороны – к ним от Дмитрова, а с другой до Богородска… Дивен Бог во Святых Своих – дивен в Преподобном Сергие!»
Отряды французов совершали вылазки из Москвы в подмосковные города и села: Мытищи, Марфино, Богородск. Соседний Дмитров был занят пятитысячным французским отрядом, но у стен Троицкой лавры неприятель так и не появился.
По преданию, Наполеон, намереваясь захватить Троице-Сергиев монастырь, будто бы взошел на колокольню Ивана Великого в Кремле и увидел с ее высоты Троицкую дорогу и даже саму Троицкую лавру. Наполеон подумал:
«Пойду туда – много там накоплено богатства…Дорога открыта: русский царь собрал в другое место свое войско, а здесь не стоит ни одного воина».
Как только эта мысль пронеслась в голове тирана из монастырских ворот Лавры вышел седой старец с золотым крестом в руке, а всю дорогу и окрестности покрыло несметное войско. Пораженный Наполеон едва не упал с Ивановской колокольни и отказался от своих намерений. По другому преданию, Бонапарт трижды посылал отряд к Троице-Сергиеву монастырю, но каждый раз на пути вражеских войск вырастал стеной дремучий лес.
Митрополит Платон благословил Александра I необычной лаврской святыней – образом преподобного Сергия Радонежского. Эта икона, которая по указу царя в 1812 году перешла в Московское ополчение, была написана еще при царе Федоре Иоанновиче на доске от гроба, где покоились святые мощи Сергия Радонежского. Этот образ был в войсках еще во время Польских походов, при взятии города Вильны, войне со Швецией. На обратной стороне иконы были подробно описаны все сражения, свидетелем которых была эта лаврская реликвия. После изгнания французов из Москвы икону преподобного Сергия вернул в монастырь генерал-лейтенант П.П. Талызин.
Свято-Духовский храм на окраине Сергиева Посада строился в два этапа. В 1829 году священник близлежащей Успенской церкви Петр Флеров начал возведение на Никольском кладбище каменной часовни. В 1832 году староста Успенской церкви Иван Антонович Шапошников пожертвовал деньги на преобразование часовни в полноценный храм. В 1835 году новая кладбищенская церковь Сошествия Святого Духа была освящена архимандритом Троице-Сергиевой лавры. В 1840 году сын упоминавшегося благотворителя Иван Иванович Шапошников пожертвовал деньги на пристройку каменной колокольни.
Свято-Духовский храм был закрыт и разорен в советские годы, а Никольское кладбище вовсе было закрыто. В 1966 году в заброшенном храме случился пожар, который повредил деревянные конструкции. На протяжении нескольких лет разрушающаяся ротонда храма и трапезная часть были полностью разобраны на кирпичи. От храма-памятника Отечественной войне оставалась только колокольня. В 2005 году начался процесс возрождения храма и восстановления памяти о бывшем здесь городском кладбище, на котором и сегодня можно увидеть старинные могилы.