Сталкер Скиф отправляется в Зону после того, как аномалия сожгла его дом и выплюнула угасший артефакт. Он хочет восстановить артефакт с помощью специального прибора и разбогатеть, однако все идет не по плану: на героя нападает милитаризованная группа, артефакт и Сканер (тот самый прибор) уносят с собой.
Скиф решает пуститься на поиски — дома ему бомжом делать нечего. Изучая наводки, он узнает, что Сканер был не один. Эта новейшая разработка НИИЧАЗ, позволяющая управлять аномальной энергией, стала достоянием общественности. Сталкеры получили доступ к рабочим образцам и творят с ними что хотят.
Попутно Скиф знакомится с группой бывших монолитовцев под предводительством Бродяги — старого знакомого из «Зова Припяти». Они называют себя «Полдень» и хотят избавиться от дурного прошлого — хотя после зомбификации потеряли всю память.
Также Скиф знакомится со Шрамом, протагонистом «Чистого Неба», а ныне — легендой Зоны, который позже сыграет важную роль в сюжете. Бродяга и Шрам действуют заодно, хотя и в разных группах.
Затем на протагониста выходит доктор Далин, ученый из института НИИЧАЗ. Он объясняет герою, что его артефакт — это не просто цацка, но альфа-артефакт, который позволит НИИЧАЗ раздвинуть границы науки, совершить скачок в научном прогрессе и вернуть вкусное мороженое по 50 копеек. Доктор умоляет героя взяться за эту задачу и любой ценой найти похищенное.
Когда это удается сделать, Скифа приглашают в НИИЧАЗ — это странная по меркам S.T.A.L.K.E.R. локация, выглядящая как современный научный комплекс в центре Зоны. Но у героя есть другая цель: Бродяга и Шрам сообщают ему по секрету, что на самом деле НИИЧАЗ хочет создать второй Монолит. Тот самый Исполнитель желаний. И это оказывается правдой: ученые, судя по всему, опять пытаются взять под контроль все человечество.
После этого придется сделать сюжетный выбор: вместе со Шрамом и Бродягой помешать эксперименту НИИЧАЗ, либо вступиться за институт. Мы выбрали первый вариант и атаковали ученых, пытаясь сорвать эксперимент по созданию второго Монолита. Это не удалось: мы опоздали, Монолит активировался. «Полдень» вновь стал «Монолитом», куче вольных сталкеров и военных промыло мозги — и они тоже стали монолитовцами. В Зоне началась тотальная война и анархия. Скорее всего, во втором варианте будет то же самое, просто на этот раз у нас не получится защитить ученых.
Кстати, мы опустили важную деталь: чуть раньше от группы «Полдень» отделилась часть монолитовцев во главе с Фаустом — он станет один из главных антагонистов. Фауст хочет вернуть монолитовцам смысл жизни, и его план заключается, судя по всему, в том, чтобы взять зону под контроль этой группы, расширив группировку до всех двуногих обитателей ЧЗО.
Этим планам нам предстоит помешать, однако…
Всей сюжетной линии раскрывать не буду, но если будет интересно пишите в комментарии. Выложу продолжение.