Во время войны старались сберечь ценные произведения искусства, и "Мона Лиза" не была исключением.
Единственный сохранившейся документ военного времени о судьбе картины говорит, что 27 августа 1939 года шедевр был упакован в специально помеченный ящик из тополя с двойными стенками, сделанный на заказ ещё в 1938 году. Он был отправлен на хранение в Замок Шамбор (Chambord Castle) в Долине Луары, наряду с другими произведениями искусства из национальных музеев Франции.
5 июня 1940 года полотно ещё раз тайно перевезли, теперь уже отдельно от остальной коллекции, на машине «скорой помощи» в тайное место.
Последний документ Лувра рассказывает о безопасном возвращении шедевра в Париж 16 июня 1945 года. Период нахождения мирового шедевра с 1942 по 1945 годы нигде не задокументирован и остаётся загадкой.
Есть предположение, что картина никогда не покидала музей, а вывезли копию , которая тоже была на балансе, чтобы окончательно запутать всех.