6 ноября 1623 года — когда Россия еще только восстанавливалась от кошмарных бедствий Смуты, отстраивались на местах пепелищ разоренные города и веси, восставали вместо разграбленных и сожженных свежесрубленные церкви — недалеко от Суздаля, в селе Антилохово (ныне в Ивановской области) появился на свет младенец, нареченный по рождении Михаилом. О первой половине его биографии сведений сохранилось крайне мало. Судя по косвенным данным и редким упоминаниям, отец будущего праведника был священником. Воспитывали мальчика, как он сам впоследствии рассказывал, в глубоком благочестии.
Мальчик помогал отцу и в хозяйстве, и в храме. Когда повзрослел, женился, сам стал священником. Служил в селе Сидоровском. Росла семья. Появился на свет сын Иван (возможно, родились и другие дети). На Руси тем временем воцарился Алексей Михайлович, и страна, которую еще недавно терзали Литва с Польшей, окрепла до такой степени, что перешла в наступление. Вступившись за единоверцев, пошла спасать восставшую под знаменами Богдана Хмельницкого Малороссию. Война была тяжелой, затяжной. Вмешались Крымское ханство, Швеция, Османская империя, да и присягавшие на верность русскому царю гетманы изменяли один за другим. Те события происходили от Суздаля далеко, но отец Михаил вместе со всей страной возносил молитвы о даровании побед русскому оружию, благословлял уходивших на брань, поминал павших.
На трудности военного времени наложилась трагедия церковного раскола. По епархиям и приходам рассылались распоряжения патриарха Никона (т.н. «Память»), решения Освященных соборов 1654 и 1655 годов с требованиями приводить обряды в соответствие с греческими правилами, исправлять богослужебные книги, совершать крестное знамение не двумя, а тремя перстами, а крестные ходы — «против солнца», служить Литургию на пяти просфорах, писать имя Иисус не через одно, а через два «и»…
На сороковом году его жизнь резко изменилась. Умерла супруга, и овдовевший батюшка решил оставить мирскую суету, целиком посвятить себя Господу. Ушел в Золотниковскую Успенскую пустынь недалеко от Суздаля. В 1663 году принял иноческий постриг с именем Митрофан. Монашескую жизнь с самого начала вел строгую, подвижническую — в трудах, бдениях, молитвах. При всем при этом сказывался немалый опыт служения священником. Способный многому научить, дать мудрый совет, он в короткое время завоевал высочайший авторитет не только в своей обители, но и за ее пределами. По прошествии трех лет его монашества соседний Яхромский Косьмин монастырь остался без настоятеля, и тамошняя братия стала просить (1665) духовное начальство поставить им отца Митрофана игуменом. В Суздальской епархии его тоже знали, высоко ценили. Епархиальное начальство решило: он и впрямь будет лучшей кандидатурой.
Первоиерарх, видимо, учел немалый опыт вновь назначенного, его прежние успехи в строительных делах. На новом месте тоже предстояло возвести каменный храм — Благовещенский, с трапезной и колокольней. Будучи ревностным борцом с расколом, патриарх Иоаким наверняка отметил верность отца Митрофана священноначалию. Помимо прочего поручил игумену обследовать близлежащие храмы, проверить их на предмет исправления обрядов, заменить старопечатные богослужебные книги на новые. Затем назначил управлять Унженской десятиной, куда входили 94 храма. Макариево-Унженский монастырь находился под особым покровительством царского дома. Юный государь Федор Алексеевич, благочестивый и очень больной, приезжал туда в паломничества помолиться, побеседовать с отцом Митрофаном, к которому относился с глубоким почтением.
Новый архиерей еще не успел выехать из столицы, как разыгрались политические бури. 27 апреля, сразу после смерти Федора Алексеевича, патриарх и близкие ему бояре добились провозглашения царем младшего брата покойного, 10-летнего Петра. Владыка Митрофан тоже примыкал к этой партии. Царевна Софья организовала стрелецкий бунт, залив Москву кровью своих противников, и стала регентшей при двух несовершеннолетних Иване и Петре. Раскольники во главе с князем Хованским решили придать восстанию духовный смысл. В июле по их требованию в Грановитой палате состоялись «прения о вере». Воронежский епископ в них участвовал, представляя вместе с патриархом и холмогорским архиепископом Афанасием официальную Церковь. Делегаты от раскольников их доводам не вняли, полезли хватать архиереев за бороды, а принесенные с собой камни стали кидать в оппонентов. «Прения» чуть было не вылились в новое побоище. Спасла положение Софья, воззвавшая к верным ей стрельцам. Те выгнали, а потом и повязали смутьянов.
Тем временем духовный разброд вел не к возвращению «неповрежденной веры». В глухомани Сибири и Русского Севера плодились изуверские секты самосожженцев. Самые буйные из них стекались на юг — на Дон, Тамбовщину, под Воронеж. Их отчего-то тянуло сжигать не себя, а других, не молиться по-старому, а «гулять», грабить. По безлюдным местам в скитах скапливались банды, которые связывались со степняками. Одно из рассылавшихся раскольниками «прелестных писем» гласило: «Идите к нам. За нас многие орды и калмыки, не покинет нас и Чаган Богатур, и Ногай-мурза, как пойдем на Москву, замутим всеми». Как видим, «старая вера» становилась лишь знаменем, главным было «замутить», даже совместно с «басурманами».
На месте ветхого кафедрального собора в Воронеже владыка взялся строить новый, Благовещенский. Количество храмов в епархии выросло со 182 до 239. В местных обителях архиерей навел образцовый порядок, основал две новые, один из скитов преобразовал в монастырь. Подружился с соседом, святителем Питиримом Тамбовским. Они специально встречались для духовных бесед, совместных молитв и на месте одной из встреч основали Трегуляевский Иоанно-Предтеченский монастырь. Епископ Митрофан открывал сельские школы, назначая учителями образованных переселенцев из Малороссии.
Это начинание епископ горячо одобрил, осознавая, насколько важным и нужным оно будет для России, а значит, и для утверждения православной веры, ее защиты от внешних угроз. Владыка Митрофан поддержал царя не только на словах. Флот — дело дорогое, требовались немалые деньги. Святитель без колебаний пожертвовал все, что удалось накопить-сэкономить в далеко не богатой епархии. Хлопот у него, конечно же, прибавилось: стремительно увеличивалось население Воронежа, сюда потянулись обозы и колонны рабочих, трудиться на верфях гнали и каторжников. Потом стали прибывать матросы. Обо всех христианских душах следовало заботиться, увеличившуюся паству необходимо было окормлять, исповедовать, причащать (включая заболевших и умиравших). Царь, понимая это, по ходатайствам епископа снизил повинности и подати для воронежских монастырей.
Отношения с государем не всегда были безоблачными. Ретроградом владыка Митрофан никогда не слыл, поддерживал и внедрение иностранных технических новинок, однако чуждые духовные и культурные веяния совершенно не одобрял. Часто бывавшему в Воронеже Петру I выстроили маленький дворец, где у входа для украшения поставили купленные за границей статуи греческих богов и богинь. Во время очередного приезда царь позвал к себе владыку, а тот, увидев скульптуры, молча повернул обратно. Самодержец, не зная причину произошедшего, повторно приказал ему явиться. Тогда святитель пояснил: «Пока государь не прикажет снять идолов, соблазняющих весь народ, я не могу войти в его дворец». Петр вспылил, велел пригрозить, что неповиновение царю карается смертью. Епископ ответил смиренно: «В жизни моей государь властен; но неприлично христианскому государю ставить языческих идолов и тем соблазнять простые сердца».
Началась уже новая война, со шведами. Святитель Митрофан особенно усердно поминал павших за Отечество воинов, записывал их в специальный синодик. Молитвы об усопших были у него долгими, а сам он достиг уже весьма почтенного возраста. В августе 1703 года, на пороге 80-летия, сильно расхворался. Предвидя, что жить на этом свете осталось недолго, принял схиму с именем Макария (в честь основателя Унженского монастыря, где был настоятелем), составил «Духовное завещание», наставление священникам. Что же касается материального наследства, записал: «А келейных денег у меня нет… не имам в келии своей ни злата, ни сребра, что дати на воспоминание души моей грешной».
В связи с перестройкой собора в 1735 году захоронение переносили в другой храм, и при этом была зафиксирована нетленность мощей владыки Митрофана. А народ почитал его как праведника еще при жизни. Люди непрестанно приходили молиться на гробницу, и случались чудеса, исцеления. О них разошлась по Руси молва, стали приезжать паломники из других мест. В XIX веке свидетельства о чудесных знамениях стал собирать и систематизировать камергер Алексей Павлов, который помогал архиепископу Воронежскому Антонию подготовить материалы для канонизации святителя. Важную роль в этом сыграл царь Николай I. Вместе с супругой Александрой Федоровной он немало поспособствовал прославлению владыки в 1832 году. Государь тогда специально прибыл в Воронеж, чтобы приложиться к мощам новоявленного святого. Митрофана Воронежского недаром считают в России небесным покровителем государственных деятелей. Но ведь таковым он является и для русского флота, ибо первым благословил наши военно-морские силы на брань за Отечество, на скорые победы и грядущие свершения.