По мере того как росло число экспонатов, ширилась и экспозиция Зоологического музея. Большой вклад в закупку оборудования и витрин, организацию экспозиции внесло Общество любителей естествознания, антропологии и этнографии (ОЛЕАЭ), президентом которого был А. П. Богданов в 1886–1889 годах. Модернизация экспозиции позволила в 1866 году открыть её не только для студентов, но и для широкой публики.
Во многом благодаря финансовым и организационным возможностям ОЛЕАЭ и усилиям самого А .П. Богданова были подготовлены и проведены первые в России грандиозные публичные научно-популярные выставки, пользовавшиеся огромным успехом, – Акклиматизационные (в 1863 и 1878 годах), Пчеловодческая и Этнографическая (обе в 1867 году), Политехническая (1872 год), Антропологическая (1879 год). На основе коллекций, демонстрируемых на этих выставках, в Москве появились постоянно действующие публичные выставки, давшие начало новым музеям как в Московском университете, так и вовне его. Это Зоологический сад на Пресне, Политехнический и Исторический музеи, Музей антропологии и др. Кроме того, потребности Зоологического музея во второй половине XIX века были намного большими, чем 600 рублей, выделявшиеся ежегодно из бюджета университета. Дополнительные суммы ассигновывались из бюджета ОЛЕАЭ.
Среди прочих начинаний А. П. Богданова была частичная реновация помещений, занимаемых музейными коллекциями, приобретение новых и реставрация старых витрин, ремонт потолка и антресолей. Из-за этих работ посещение музея ограничили на два года, он был открыт вновь в 1886 году.
В связи с выделением Зоологического музея как отдельной университетской структуры, в 1898 году при реновации зданий Московского университета архитектору К. М. Быковскому поручается спроектировать и построить новый корпус – помещение для Зоологического музея. К 1902 году современное здание Зоологического музея было построено и началось его оборудование и оснащение.
Новое здание Зоологического корпуса на углу Большой Никитской улицы и Долгоруковского переулка (ныне – Никитского) было решено в стиле классических европейских музеев – двухэтажное, с тремя занимавшими основной объём высокими залами с большими окнами, из них залы второго этажа – с хорами, с аудиторией в центральной части, с многочисленными лабораторными и подсобными помещениями. Для увеличения освещённости экспозиционных залов второго этажа крышу здания выполнили в форме остеклённого свода, соответственно чему стеклянными же сделали и потолочные перекрытия под ним. Переезд экспозиции прошёл довольно быстро в 1901–1902 годах. Связано это с тем, что прежние помещения, где располагался музей, были предназначены к сносу. А формирование экспозиции затянулось из-за финансовых проблем. Университет стал отпускать небольшие средства на оборудование музея с 1902 года. Только после окончания Первой Русской революции финансирование Зоологического музея восстановилось в достаточном объёме, что позволило ему завершить дооборудование и поэтапно начать открывать экспозиционные залы для публики начиная с 1905 года. Параллельно приходилось устранять недоделки и проводить ремонт самого здания. Экспозиционные отделы музея частично стали доступны посетителям только в 1911 году, а полноценно функционировать стали к 1915 году.
События 1917 года и сопутствующие им разруха, Гражданская война, трансформация общества и системы образования естественным образом сказались и на Зоологическом музее. В его помещениях в 1922–1924 годы работали многочисленные новообразованные НИИ и просветительские организации (НИИ зоологии, Плавучий морской биологический институт и др.). В 1930 году был создан биологический факультет МГУ, разместившийся в здании музея. В штатном расписании музея появилась должность научного сотрудника, на которую перевели хранителей и ассистентов. С 1925 года началась реорганизация фондов музея, а с 1927 года и документации: от прежних «Шнуровых книг» перешли к «Книгам для записи коллекций» и отдельной «Книге поступлений». Затем последовали многочисленные административные перемены: в состав Зоологического музея влились коллекции Анатомического музея, руководство Зоологическим музеем было передано из МГУ в прямое подчинение Главнауки Наркомпроса и пр. Этот процесс закончился только к 1932 году. Музей вновь вернулся в подчинение Московского университета и получил официальное название «Государственный зоологический музей при Московском государственном университете».
На протяжении первой половины 1930-х годов помещения Зоологического музея стали покидать прежние «соседи»: в 1929 году в Мурманск был перебазирован «Плавморин», затем, в связи с переездом в Москву из Ленинграда АН СССР, помещения освободил и НИИ зоологии. Это позволило расширить экспозицию. С 1933 года на регулярной основе стали выходить «Труды Зоологического музея».
В 1935 году была утверждена новая структура Зоологического музея. В ней появился Учёный совет; секции (с 1937 года – отделы): териологии, орнитологии, герпетологии, ихтиологии, энтомологии; в секции териологии заведена повидовая коллекционная картотека, а также «картотека дарителей». В экспозиции восстановили систематический принцип организации показного материала. Тогда же некоторым сотрудникам музея были присвоены (без защиты) официально введённые учёные степени доктора и кандидата наук. Возвращение Зоологического музея под юрисдикцию Московского университета официально зафиксировано в Уставе МГУ 1939 года, где он фигурирует под современным названием «Зоологический музей МГУ».
После начала Великой Отечественной войны здание Зоологического музея пострадало от бомбёжек. Были выбиты окна в верхнем зале музея, пострадали витрины и экспонаты. Вместе с другими подразделениями университета сотрудники и наиболее ценные музейные экспонаты были эвакуированы в Ашхабад. Оставшуюся часть предметов складировали в университетских подвалах и в нижнем зале музея. Реэвакуация экспонатов и сотрудников началась уже в 1943 году. В 1944–1945 годах шло восстановление и расконсервация экспозиции музея.
Переезд естественных факультетов Московского университета в новые здания на Ленинских горах в 1953 году позволил Зоологическому музею существенно расширить помещения под фондохранилище. Правда, перемещение экспонатов привело к необходимости их промежуточного складирования в экспозиционных залах музея. Поэтому доступ посетителей в музей был закрыт с 1951 по 1955 год.
В начале 1960-х годов произошло переподчинение музея. Если раньше формально он подчинялся ректорату, то теперь стал подчинён биологическому факультету. Такой порядок сохраняется и поныне. В 1965 году научных сотрудников, работающих в Зоологическом музее, официально зачислили в штат профильных кафедр биологического факультета, а оплата их труда была уравнена с профессорско-педагогическим составом факультета. К концу 1960-х годов общий размер фонда Зоологического музея составил 350 000 единиц хранения позвоночных животных и около 2 миллионов экспонатов беспозвоночных и насекомых.
Следующее существенное расширение территории Зоологического музея состоялось во второй половине 1970-х годов, когда были ликвидированы жилые помещения в торцевых частях Зоологического корпуса. Эти коммуналки появились еще в 20-е годы ХХ века и использовались музеем как служебное жилье для своих сотрудников. Жильцы были переселены во вновь застраиваемый район Москвы Ясенево, и прежние квартиры были переоборудованы в новые места хранения экспонатов и кабинеты сотрудников.
В 1971 году обнаружились провалы грунта под зданием Зоологического музея и проседание фундамента. Экспозиционную деятельность музея пришлось прервать и заняться срочным ремонтом. Музей был закрыт для посетителей. Ремонт сопровождался вынужденной сменой старого оборудования. Деревянные витрины конца XIX – начала ХХ века не удовлетворяли требованиям пожарной безопасности. Их сменили на новые – металлические. Существенной перестройке подверглась по тем же причинам и Большая Зоологическая аудитория, расположенная в здании музея. Её старый дореволюционный интерьер был заменён на новый, изготовленный из негорючих материалов. В связи с ремонтом началась работа по поэтапной реконструкции экспозиции музея.
Обновлённый нижний зал был вновь открыт для посещения в 1985 году, в 1989 году наступила очередь верхнего зала. В 1990 году открыли для посещения зал эволюционной морфологии. В 1991 году Зоологический музей официально получил статус научно-исследовательского музея.
К концу ХХ века общий объём коллекции Зоологического музея Московского университета составил примерно 7 миллионов единиц хранения, что делает ее одной из самых представительных в России. В 2016 году коллектив музея торжественно отметил свой 225-летний юбилей. В своём поздравлении ректор университета отметил важность коллекции музея для научной и просветительской деятельности, напомнил о масштабных задачах, которые стоят перед музеем как наиболее крупным кластером создаваемого МГУ банка-депозитария живых систем.
Сегодня Зоологический музей хранит уже 10 миллионов экспонатов, и это делает его вторым по величине музейным собранием зоологического профиля в стране (после Зоологического института РАН в Санкт-Петербурге). За время существования музея помимо естественнонаучных фондов сформировались обширные коллекции документов и материалов известных учёных-биологов, кинофотодокументов, живописи и графики. С 2018 года в музее ведётся электронный каталог и оцифровка наиболее важных экспонатов. К настоящему времени оцифровано немногим менее 150 тысяч музейных предметов. Сканы изображений с описаниями составляют цифровой музей, который доступен всем желающим в Интернете.
Сотрудники музея ведут постоянную хранительскую, научную и педагогическую работу. Сегодня здесь работают 6 докторов и 21 кандидат наук, которые проводят исследования в разных областях зоологии и занятия со студентами биофака МГУ. При этом Зоологический музей исторически является музеем публичным. Согласно современной статистике, ежегодно в него приходят до 100 000 посетителей. В составе музея действует специальный экскурсионный отдел, который, согласно отчётам музея, проводит около 1 600 экскурсий в год. Помимо этого, сотрудники музея заняты в многочисленных публичных лекциях, экологических программах, интерактивных занятиях, конкурсах, работе в кружках юных любителей природы и других мероприятиях.
Автор: доктор исторических наук, профессор кафедры истории и правового регулирования отечественных СМИ факультета журналистики МГУ имени М. В. Ломоносова Д. А. Гутнов
Дизайн: А. А. Магера