С первого дня Великой Отечественной войны А. И. Афанасьев участвовал в боевых действиях флота. 22 июня 1941 г. производил минные постановки у Либавы (Лиепаи), 27-го при эвакуации ВМБ из Либавы участвовал в бою с 4 торпедными катерами противника, один из них повредил. 13 июля под Ригой потопил транспорт с войсками и грузом и миноносец. 26 июля 1941 г. новая победа: потоплены транспорт и миноносец. А. И. Афанасьеву было присвоено звание лейтенанта. В наградном листе записано: «...лейтенант Афанасьев... показал, что может сделать командир-коммунист, имеющий в руках грозное оружие. Не останавливаясь, шел в атаку, попутно отражая нападения мощной охраны караванов врага...».
/Герои Советского Союза Военно-Морского флота. Биографический справочник. – Москва: Воениздат, 1977, с.45/.
Указом Президиума Верховного Совета СССР от 3 апреля 1942 года лейтенанту А.И. Афанасьеву присвоено звание Героя Советского Союза.
