Французский флот прошел незамеченным, и 2 июля французы высадились в Египте. Решающая битва с египтянами произошла у пирамид. Против армии Наполеона выступила вдова бея Мурада Египетского Мамлюки верхом на быстрых лошадях, составлявшие личную охрану бея, имели крайне свирепый и воинственный вид. Казалось, они прорубят французскую пехоту своими крючковатыми шпагами. Однако опыт и дисциплина ветеранов итальянского рейда победили прыть египетской кавалерии. В битве при пирамидах французский экспедиционный корпус разгромил войска бея, и уже 25 июля Наполеон вступил в Каир.
Однако через две недели после победы удача отвернулась от Наполеона. Нельсон внезапно появился в Абукирской бухте, где стоял на якоре весь французский флот. Экипажам кораблей разрешили сойти на берег, а французский адмирал, несмотря на появление англичан, даже не объявил боевую тревогу, так как был уверен, что противник не посмеет войти в бухту, полную опасных подводных рифов и косяки. Но Нельсон вторгся в бухту и, открыв огонь корабельной артиллерии, потопил прижатые к берегу французские корабли Поражение в Абукирской бухте отрезало Наполеону путь во Францию и надолго задержало его в Египте.
В корпусе генерала Дезе, преследовавшего поверженного Мурада, был Доминик Виван Денон, член научной комиссии. Жизнь этого человека была чрезвычайно интересной. В ней, как в компасе, одна за другой отразились все революции, потрясшие тогда Францию и Европу. Аристократ и талантливый художник, Денон получил все возможные почести и привилегии при монархии. Перед ним были открыты двери лучших домов Европы. В Париже он был хранителем королевской коллекции древностей, членом Французской академии и одновременно любовником мадам Помпудур. Людовик XV отправил его в Петербург первым секретарем французского посольства. Находясь в России, Денон смог завоевать расположение императрицы Екатерины. Позже переведенный в Швейцарию послом, он подружился с Вольтером, который был частым гостем.