В 1959 году чемпионат стартовал значительно позже, чем в предыдущие годы. Матчи первого тура прошли 19 апреля. Вместо покинувшего класс А Адмиралтейца дебютировать в нем теперь предстояло ростовскому СКВО (Спортивный клуб военного округа). В первом туре в армейском дерби победу одержала младшая по рангу команда.
Лучше всех на старте чемпионата играли московское Динамо и ленинградский Зенит, одержавшие в первых трех турах по три победы. В четвертом туре Динамо снова выиграло, а зенит сыграл вничью с ЦСК МО. Таким образом, динамовцы вырвались вперед.
Только в шестом туре лидер потерял первое очко, но это произошло в матче с Зенитом на его поле, поэтому расценивать эту ничью как неудачу не получается.
Седьмой тур завершился 31 мая. В группе, которая преследовала лидера, впереди уже был не только Зенит, но и новичок класса А - ростовский СКВО. Вряд ли много специалистов, а тем более простых болельщиков, могли такое ожидать.
В июне было сыграно не много матчей: только восьмой тур и некоторые матчи 9-11 туров. В середине месяца динамовцы столицы взяли реванш у Локомотива за крупное поражение трехлетней давности 1:7, одержав победу над ними с точно таким же счетом.
1 июля лидер одержал очередную победу и оторвался от преследователей на довольно значительное расстояние в очках. Но через пару дней произошло событие, которое серьезно подкосило команду морально, и она утратила свою мощь. Киевское Динамо потребовало переигровку матча с ними, который состоялся в третьем туре и завершился со счетом 2:3. В те годы опротестовывание итогов матчей было не таким уж редким явлением, часть из них удовлетворяли. Иногда, конечно, достаточно странным выглядели такие решения, особенно с высоты нынешних лет. В этот раз матч был аннулирован, присудили переиграть его 21 октября. Таким образом, два очка у лидера пропало. Понятно, что не безвозвратно, но радости команде это точно не могло доставить.
В июле было также сыграно не большое количество матчей. В основном были доиграны 9-11 туры, а также прошли все матчи первого тура второго круга, который по счету был двенадцатым. Уже 5 июля первую победу в чемпионате одержать смогло киевское Динамо, обыграв в Москве Спартак. Через три дня в Куйбышеве они одержали вторую победу, а еще через четыре в Сталино - третью. После небольшой паузы между кругами киевляне одержали четвертую победу кряду, обыграв дома армейцев столицы. Московское Динамо сначала уступило Торпедо, но сразу после двухнедельного перерыва обыграло с крупным счетом Зенит.
Август лидер начал с поражения от спартаковцев. Но запас прочности пока что не требовал каких-то серьезных волнений. Результат следующего матча для Динамо был «не очень» - ничья 3:3 дома с аутсайдером чемпионата. Локомотив и тбилисское Динамо еще отставали на два очка, плюс у лидера был еще матч в запасе, но потерянные очки стали прибавляться слишком быстро. В третьей декаде августа московское Динамо обыграло сначала Крылья на их поле, а затем в дерби армейцев. Также хорошо шел и Локомотив, чуть медленнее вслед за ним тбилисцы.
В сентябре матчей сыграно было мало: только 17-й тур и по одному перенесенному матчу из 19-го и 20-го туров. Еще несколько перенесенных матчей команды провели в первые октябрьские дни. Без поражений долго шли Локомотив и Спартак. Первый с середины августа, а второй с его начала. Но спартаковцы слишком плохо для своего уровня играли в первом круге, поэтому сильно отстали от лидирующей группы.
В середине октября в матче 18-го тура железнодорожники обыграли ростовских армейцев и, на некоторое время, стали лидерами чемпионата, обойдя динамовцев столицы, хотя у тех все же было два матча в запасе. Свой матч в этом туре потенциальный лидер проиграл одноклубникам из Тбилиси, которые всерьез вознамерились вести борьбу, как минимум, за призовое место чемпионата.
Больше недели лидировать Локомотив не смог, в очередном туре их беспроигрышную серию прервал Спартак. Динамовцы столица победили Торпедо, а тбилисцы проиграли армейцам Ростова. Одновременно с доигрыванием 20-го тура состоялась переигровка матча динамовских команд Киева и Москвы. Счет матча не был открыт в этот раз. В предпоследнем туре лидер чемпионата гостил на Дону. Армейцы смогли обыграть динамовцев в этом матче, что было воспринято как небольшая сенсация. Между тем по потерянным очкам теперь ростовчане уступали только лидеру, но три оставшихся матча им предстояло сыграть в гостях.
с 30 октября по 1 ноября прошли матчи завершающего тура. После этого командам осталось сыграть шесть перенесенных матчей, кому-то один, кому-то и два, в их числе были и динамовцы Москвы. 3 ноября им удалось взять реванш у ростовчан за проигрыш первого матча.
8 ноября решалась судьба звания чемпиона. В матче в Лужниках встретились оба претендента на это. 80 тысяч зрителей наблюдали за игрой. В конце игры игрок Динамо поразил собственные ворота, и этот результат приводил к дополнительному матчу за первое место. Но на последних минутах Динамо забило гол и в чужие. Матч завершился ничьей, которая была для команды как большая победа. Локомотив впервые завоевал серебряные медали.
9 и 12 ноября два матча дома проводил аутсайдер чемпионата, сначала против армейцев Москвы, а потом их одноклубников из Ростова. В первом матче горняки победили, а во втором потерпели поражение, которое, по идее отправляло команду в класс Б. Но грандиозное расширение класса А привело к тому, что команда была оставлена в группе сильнейших.
Класс Б
На первом этапе 101 клуб в семи зонах определяли участников финалов (победители каждой зоны).
Были выявлены победители во всех семи зонах класса Б, однако вступить в борьбу за право войти в класс А им не пришлось, так как Федерация футбола СССР, в связи с изменением условий розыгрыша первенства страны в 1960 году, отменила проведение финальной пульки команд класса Б. Республиканские федерации футбола Армении, Азербайджана, Белоруссии, Казахстана, Латвии, Литвы, Узбекистана, Украины и Эстонии отобрали своих кандидатов на включение в класс А без конкурса. В РСФСР это сделать было чрезвычайно трудно. Право выступать в чемпионате Советского Союза лучшая команда класса Б РСФСР должна была завоевать в дополнительном соревновании. Местом встречи претендентов был выбран Грозный, на стадионах которого в начале ноября и состоялись решающие матчи.