Сосуществование в одном здании медицинского и пенитенциарного учреждений становилось все более неудобным. Уже при создании временной лечебницы началось обсуждение вопроса об их разделении и о создании самостоятельной психиатрической больницы. Было принято решение о постепенном выводе арестантов из здания Исправительного заведения. В 1871 году из здания были выведены мужчины арестанты, а временная лечебница была поспешно расширена еще на 110 мест и заняла помещения упраздненных арестантских отделений с минимальными приспособлениями. К 1872 году в лечебнице находилось уже 230 душевнобольных, а здание не могло быть использовано в качестве тюремного, т. к. не соответствовало требованиям того времени для такого рода заведений.
29 апреля 1872 года Государем Императором Александром II Высочайше была утверждена в здании бывшего Исправительного заведения больница св. Николая Чудотворца, по имени церкви, расположенной в здании.
Больнице передано все здание закрытого Исправительного заведения.
«Государь Император по всеподданнейшему Главноуправляющего IV отделением собственной Его Императорского Величества канцелярии докладу, основанному на положении Попечительного совета заведений общественного призрения в С. Петербурге, 29 день апреля сего года [1872]Высочайше повелеть изволил: временную лечебницу для помешанных (в здании Исправительного заведения) переименовать в больницу св. Николая Чудотворца».