За основу взято "Оптимальное добавление множества меток" из песочницы здесь
Дано: По умолчанию, при клике на метку открывается балун. Чтобы его закрыть, нужно кликнуть на крестик вверху справа балуна.
Задача: Нужно сделать так, чтобы балун закрывался при клике на любое свободное место на карте.
Решение: нужно вставить в файл object_manager.js после строки :
myMap.geoObjects.add(objectManager);
Следующую строку:
myMap.events.add('click', function (e) {myMap.balloon.close();});
Все, балун закрывается при клике на пустое место карты.
Если это не так, почистите кэш браузера. Все заработает как надо.