О преподобном Афанасии Младшем известно очень мало. Согласно преданию, родом он был из Ярославля, а в миру носил имя Аммос. Родителей святого звали Илларион и Анна. Так как игуменом монастыря он стал в 1382 году, то можно предположить, что родился он до 1352 года. Если следовать «Слову», то в Высоцкий монастырь Аммос пришёл в 1374 году, то есть вскоре после его основания. Постриг принял в 1379 году.
После того как в 1382 году Афанасий Старший оставил монастырь и вместе с изгнанным из Москвы митрополитом Киприаном уехал в Киев, а затем в Константинополь, место игумена занял Афанасий Младший, возведённый в сан иеромонаха. Скончался преподобный Афанасий 12 [20] сентября 1395 года, как сообщает «Слово», в старости и после продолжительной болезни.
По завещанию преподобного он был похоронен под лестницей монастырского храма. Позже лестница была разобрана и на том месте построена часовня. В 1697 году матерью Петра I Натальей Нарышкиной на месте часовни был построен храм, освящённый во имя Афанасия Афонского. В этом же году иеромонахом Чудова монастыря Карионом (Истоминым) было написано житие Высоцким преподобным.
24 сентября 1994 года были обретены мощи преподобного. Время начала почитания святого неизвестно. Вероятно, он почитался местно. Определением Архиерейского собора 2005 года преподобный Афанасий Высоцкий был причислен к лику святых для общецерковного почитания.
День кончины преподобного Афанасия Младшего стал общим днём для поминовения и его, и его учителя. Кроме того, преподобные почитаются в Соборах Радонежских и Московских святых. Афанасий Младший почитается также в Соборе Ростовских святых.
Память в один день с его учителем 12 (25) сентября, также в Соборе Радонежских, Московских и Ростовских святых.