После начала Второй мировой войны в сентябре 1939 года соревновательный футбол в стране был фактически остановлен. В то время "Манчестер Юнайтед" готовился к своему второму сезону в Первом дивизионе после повышения в классе в 1938 году. Их возвращение в Первый дивизион было весьма неудачным, они заняли 14-е место.
В то время у клуба были большие долги, и на "Олд Траффорд" была заложена дорогая ипотека в размере 25 000 фунтов стерлингов. Средств на трансферы не хватало, однако новые игроки были крайне необходимы, поэтому клуб создал юношеский атлетический клуб "Манчестер Юнайтед" (MUJAC). Целью организации было выявление, набор и развитие молодых местных футболистов с целью их последующего перехода в первую команду. В то время как их старшую команду вряд ли можно было назвать чем-то более средним, молодежная команда процветала, выиграв любительскую лигу Чорлтона в 1939 году, забив при этом невероятные 223 гола. Соответственно, они выиграли Кубок Манчестера среди старших команд. Учитывая успех (MUJAC), у клуба были большие амбиции собрать три команды, обладающие статусом первой команды.
Юнайтед" начал кампанию Первого дивизиона 1939/40 с победы 4:0 над "Гримсби", но затем последовали ничья с "Челси" и поражение от "Чарльтона" накануне объявления войны. Через два дня после этого часть "Олд Траффорд" была реквизирована в качестве военного склада, а тренировочные базы в Лоуэр Броутон были потеряны по аналогичным причинам. Игровой персонал "Юнайтед", как и многих других команд, был разбросан по всей стране. В то время как основная часть футбольных соревнований была приостановлена, поскольку все внимание страны было обращено на военные действия, вместо них были организованы соревнования региональных лиг. Часто команды с трудом выполняли свои обязательства, так как многие футболисты уходили на войну, и в результате многие команды поредели.
Стэнли Пирсон был одним из первых игроков "Юнайтед", вступивших в ряды вооруженных сил. Он служил во 2-м/4-м Ланкаширском полку, а позже во время войны отправился в Индию, где играл за команду Дениса Комптона. Многие другие игроки "Юнайтед" участвовали в военных действиях в течение последующих шести лет. Чарли Миттен, дебютировавший в ноябре 1939 года, служил на Азорских островах в составе RAF и однажды забил все 13 мячей за команду подразделения против местной команды. Службу прошел и Джонни Моррис, который дебютировал за "Юнайтед" в августе 1941 года. Он переправился через Рейн на танке во время службы в Королевском бронетанковом корпусе. Джимми Хэнлон, подписанный в качестве тренера в 1934 году, за два с половиной года забил 133 гола, после чего в 1942 году был отправлен на Восток и попал в плен, сражаясь на Крите. Оставшуюся часть войны он провел в итальянском лагере, а затем был переведен в шталаг IVB в Германии.
Это привело к тому, что многие команды выставляли "гостевых" игроков. Профессиональные игроки и даже стажеры выступали за многие клубы в пределах досягаемости от места их службы. Без этого игра в военное время, безусловно, распалась бы как организованная структура. Вратарь "Юнайтед" Томми Брин был отправлен в Северную Ирландию и выступал за "Белфаст Селтик", который, по иронии судьбы, был тем же клубом, из которого его подписали всего тремя годами ранее. Центральный нападающий Джек Роули выступал за "Шрусбери Таун", а затем за "Вулвз". Сам Роули провел шесть лет в полку Саут-Стаффс и был высажен на берег в день "Д". Юнайтед", конечно, тоже приглашал игроков. Двумя самыми первыми игроками, приглашенными в "Юнайтед", были Лен Батт из "Блэкберна" и Томми Вудворд из "Болтона".
Первый товарищеский матч "Юнайтед" провел через две недели после начала конфликтов, сыграв вничью с "Болтоном" со счетом 2:2. Их первая игра в новообразованной Региональной лиге Севера была дома против соседнего "Манчестер Сити", который выиграл со счетом 4:0. В апреле 1940 года "Сити" снова победил "Юнайтед" со счетом 1:0, снова на "Олд Траффорд", на этот раз в кубковом матче военного времени. Юнайтед" удалось отыграться на своих соперниках с Мейн Роуд, которые также добились успеха в Лиге, когда неделю спустя в Кубке они выиграли с разницей в два мяча. Однако в следующем же раунде "Блэкберн" прервал серию побед в Кубке. В последние недели Лиги "Юнайтед" потерпел четыре поражения подряд, что стоило им титула чемпиона дивизиона.
Сильные налеты на Манчестер в декабре 1940 года заставили клуб перенести матч с "Блэкберн Роверс" из Манчестера в Стокпорт. Рейды продолжали угрожать Манчестеру, и победа "Юнайтед" со счетом 7:3 на "Олд Траффорд" 8 марта 1941 года стала последней на "Олд Траффорд" за восемь лет. Через несколько недель после этого "Олд Траффорд" подвергся бомбардировке и был сильно поврежден. Манчестер Сити быстро предложил помощь своим соседям, предложив использовать Мейн Роуд в качестве временного дома для Юнайтед, пока Олд Траффорд не будет восстановлен. Мейн Роуд стал новой штаб-квартирой "Юнайтед" в военное время, и свой первый матч они провели там против "Блэкпула", проиграв 3:2. Вскоре "Юнайтед" освоились в новой обстановке и в пасхальный понедельник бесцеремонно отблагодарили своих соперников из "Сити" за гостеприимство, разгромив их со счетом 7:1. Свою первую награду военного времени, Кубок Ланкашира, "Юнайтед" завоевал в мае 1941 года, победив "Бернли" со счетом 1:0.
В начале сезона 1941-42 годов "Юнайтед" обыграл "Нью-Брайтон" со счетом 13:1, сумев выставить на поле полный состав. Джек Роули забил семь голов в этой игре. В ноябре на "Анфилде" "Юнайтед" сразился с будущими ярыми соперниками "Ливерпулем", сыграв вничью 2:2, и Роули снова забил оба мяча. Младший брат Роули, Артур Роули, играл на левом фланге в возрасте всего 15 лет. Артур Роули сыграл за "Юнайтед" еще семь раз, после чего был освобожден в мае 1944 года. В дальнейшем он побил рекорд по количеству голов в истории английской футбольной лиги, забив 434 гола в 629 матчах лиги, и этот рекорд сохраняется до сих пор.
По окончании сезона 1941-42 годов "Юнайтед" завоевал второе чемпионство в Северной лиге, победив соперников "Сити" со счетом 3:1 и обойдя при этом "Блэкпул" по среднему количеству голов. Несмотря на то, что "Юнайтед" не удалось завоевать новых наград военного времени, они продолжали усердно искать новых игроков. К 1941 году в команде было зарегистрировано 64 игрока, через год их число возросло до 76, а в 1944 году достигло 82, хотя не все из них были профессионалами.
В мае 1945 года, всего за четыре месяца до окончания войны, "Юнайтед" встретился с "Болтоном" в финале Кубка Северной лиги. Путь к финалу для "Юнайтед" был нелегким. В отборочном турнире Кубка они дважды проиграли "Манчестер Сити", и для выхода в нокаут-раунд им нужна была победа. На стадионе "Шей" они проиграли "Галифаксу" со счетом 1:0, но при безголевом счете и за три минуты до конца ответного матча "Юнайтед" оформил победу в два мяча благодаря голам приглашенного игрока Клиффа Чедвика из "Мидлсбро" и защитника Джона Роуча. Чтобы выйти в финал, "Юнайтед" обыграл "Бернли", "Сток", "Донкастер" и "Честерфилд".
В первой игре "Болтон" выиграл со счетом 1:0 на "Бернден Парк" и свел "Юнайтед" вничью 2:2 на "Мейн Роуд". Во второй игре "Юнайтед" играл с четырьмя гостями, среди которых были Р. Уайт из "Тоттенхэма", Асбери из "Честера", Слоан и Глидден из "Транмира". Чедвик и Чилтон играли в первом матче, но не играли во втором. Чедвик, как известно, в то время тренировал парашютистов и сбрасывал диверсантов над оккупированной врагом Европой.
Война закончилась в сентябре 1945 года. Мэтт Басби занял пост менеджера в октябре 1945 года. В "Юнайтед" не было тренировочной базы, а раздевалки обветшали. Клуб по-прежнему проводил домашние матчи на "Мейн Роуд" в Манчестер Сити, а его овердрафт составлял внушительную сумму в 15 000,00 фунтов стерлингов. По-прежнему приходилось привлекать приглашенных игроков, пока игроки заканчивали службу, но к концу сезона 1945/46 у "Юнайтед" был всего один приглашенный игрок - игрок "Болтона" Лол Хэмлетт.
В течение трех лет после окончания войны "Юнайтед" оставался на Мейн Роуд, три раза подряд занимая второе место в лиге и выиграв Кубок Англии в 1948 году. После давления со стороны председателя "Юнайтед" Джеймса Гибсона, Комиссия по военному ущербу выделила "Манчестер Юнайтед" £4 800 на разбор завалов на "Олд Траффорд" и £17 478 на восстановление трибун. Стадион был восстановлен и вновь открыт 24 августа 1949 года.
Спасибо за уделенное время!