30 августа 1991 года было объявлено о деполитизации КГБ СССР. Её проведение (ликвидацию КГБ) было поручено новому главе ведомства В.В. Бакатину.
23 августа президент СССР М.С. Горбачёв по согласованию с президентом РСФСР Б.Н. Ельциным подписал указ о назначении Бакатина на должность председателя КГБ СССР.
29 августа Верховный Совет СССР утвердил назначение.
В августе из состава КГБ были выведены подразделения правительственной связи, радиоэлектронной разведки и криптографии и объединены в Комитет правительственной связи СССР.
Управление КГБ СССР по Москве и Московской области было выведено из центрального аппарата и переподчинено КГБ РСФСР, созданному в мае 1991 года.
Из подчинения КГБ были выведены войска спецназа и переданы Министерству обороны.
9-е управление КГБ СССР стало Управлением охраны при аппарате президента СССР.
Самостоятельным ведомством стало 1-е главное управление КГБ СССР (внешняя разведка).
Погранвойска СССР были выведены из подчинения КГБ, был образован Комитет по охране государственной границы СССР.
Оставшиеся структурные подразделения составили основу Межреспубликанской службы безопасности – основного правопреемника КГБ.
22 октября 1991 года постановлением Государственного Совета СССР КГБ СССР был расчленён на три учреждения: Межреспубликанскую службу безопасности (МСБ), Центральную службу разведки СССР (ЦСР) и Комитет по охране государственной границы СССР.
6 ноября 1991 года указом президента СССР Бакатин был назначен руководителем МСБ. Новые союзные органы государственной безопасности были подчинены реформатору М.С. Горбачёву.
3 декабря 1991 года Советом Республик Верховного Совета СССР был принят закон «О реорганизации органов государственной безопасности». Ликвидация КГБ как органа власти и государственного управления была узаконена (хотя Совет Республик не имел для этого полномочий).
5 декабря 1991 года Бакатин в качестве «жеста доброй воли» передал представителю посольства США в СССР Джеймсу Коллинзу техническую документацию по установке и использованию сверхсекретных подслушивающих устройств в новом здании американского посольства в Москве (по его утверждению, это было согласовано с Горбачёвым и Ельциным). В среде сотрудников уже распотрошённого КГБ это было воспринято как государственная измена.
Входившие в систему КГБ СССР республиканские и местные органы безопасности перешли в исключительную юрисдикцию республик в составе СССР. На Украине, например, 20 сентября 1991 года Верховная рада приняла постановление «О создании Службы национальной безопасности Украины». Этим же постановлением был упразднён Комитет государственной безопасности УССР. А в марте 1992 года Верховная рада приняла закон «О Службе безопасности Украины», позднее были приняты и другие законы.
Бакатин был освобождён от должности руководителя МСБ 15 января 1992 года указом президента РФ Ельцина. До подписания указа об отставке Ельцин предлагал ему отправиться послом в США, но Бакатин отказался.