Вячеслав Михайлович Ковтуненко родился 31 августа 1921 года в городе Покровске (совр. г. Энгельс Саратовской области). В 1939 году поступил в Рыбинский авиационный институт. В 1941 г. он добровольцем ушел на фронт, однако в октябре того же года был тяжело ранен и затем отчислен из рядов Советской Армии.
В 1942 году Вячеслав Михайлович поступил на математико-механический факультет Ленинградского государственного университета. В 1946 Вячеслав Михайлович пришел на работу в НИИ-88 (ныне РКК «Энергия» им. С.П. Королёва), где непосредственно участвовал в создании первых отечественных баллистических ракет. В 1953 году В. М. Ковтуненко был направлен С.П. Королевым в ОКБ-586 (позже КБ, а затем НПО «Южное») в город Днепропетровск, руководимое М.К. Янгелем, где он возглавил проектный отдел. Тогда же В.М. Ковтуненко защитил кандидатскую диссертацию на тему: «Теоретические и экспериментальные исследования аэродинамики воздушных рулей». А уже в 1960 году В. М. Ковтуненко была присуждена учёная степень доктора технических наук, в этом же году он стал лауреатом Ленинской премии.
В 1961 году в ОКБ-586 было организовано КБ-3, которое проектировало ракетно-космические комплексы научного, военного и народно-хозяйственного назначения. Вячеслав Михайлович стал его начальником и главным конструктором. При его активном участии была разработана и успешно реализована программа «Космос».
В декабре 1977 года В.М. Ковтуненко был назначен главным конструктором НПО имени С.А. Лавочкина. Здесь основной сферой его научных и практических интересов стало создание автоматических космических аппаратов для исследований околоземного и межпланетного пространства.
К этому периоду принадлежит разработка проектов космических экспедиций к планете Венера («Вега-1» и «Вега-2»), предполагавшее исследование не только этой планеты Солнечной системы, но и кометы Галлея.
В 1986 г. Вячеслав Михайлович был избран членом-корреспондентом АН СССР и в том же году назначен генеральным конструктором и директором НПО им. С.А. Лавочкина.
Теперь объектом исследования ученых становится Марс. Под руководством В.М. Ковтуненко были созданы первые межпланетные автоматические космические аппараты нового поколения «Фобос-1» и «Фобос-2», которые совершили экспедиции к Марсу и его спутнику Фобосу.
НПО им. С.А. Лавочкина под руководством Вячеслава Михайловича стало первопроходцем в новой для отечественной космонавтики области создания непилотируемых внеатмосферных астрофизических обсерваторий. Были созданы космические обсерватории «Астрон», «Гранат», разработана серия космических обсерваторий «Спектр». Для исследования околоземного пространства создавались спутники Земли «Прогноз», собиравшие сведения о солнечной активности, влиянии её на магнитосферу и ионосферу Земли. Полученные данные должны были использоваться для прогнозирования опасных для пилотируемой космонавтики явлений.
Заслуги ученого были по достоинству оценены: он был лауреатом Ленинской (1960) и Государственной (1978) премий, трижды награждался Орденами Ленина. В 1987 году был избран действительным членом Международной академии астронавтики.
В.М. Ковтуненко скончался 10 июля 1995 года и похоронен в Москве на Троекуровском кладбище.
В РГАНТД хранятся документы, раскрывающие научную и организаторскую деятельность Вячеслава Михайловича. Так, например, в личном фонде Николая Ивановича Тюрина – специалиста в области проектирования управляемых баллистических ракет дальнего действия (Ф. 35) находятся работы, посвященные жизни, проектно-конструкторской, научной, педагогической и общественной деятельности В.М. Ковтуненко.
В Коллекции документов инициативного документирования (Ф. 99) можно найти воспоминания Вячеслава Михайловича о работе в ОКБ-1 (НИИ-88) и КБ «Южное», его переходе в НПО им. Лавочкина и работах по космическим аппаратам дальнего космоса.
Также в РГАНТД хранятся фонодокументы с записями выступлений, воспоминаний В.М. Ковтуненко о его работах над различными проектами; кинодокументы и видеоматериалы, посвященные международному проекту «Вега», созданию космических аппаратов «Фобос-1», «Фобос-2» и многом другом.