В 1674 году в Виргинию отправился Натаниэль Бэкон (родственник философа Френсиса Бэкона). Там у него был кузен со связями в правительстве, а жена Бэкона была в родстве с губернатором. Благодаря связям, Натаниэль преуспел, и в 28 лет стал советником губернатора и владельцем пары крупных плантаций.
В 1676 году один из рабочих Бэкона был убит индейцами, и хозяин оказался во главе тех, кто хотел воевать с ними (напомню, тогда в новой Англии шла война короля Филиппа). Он повёл своих вооружённых людей против ближайших индейцев, показательно убив некоторое их количество, тут же став "героем".
Тогда он потребовал полной реформы правительства и выборов палаты Бюргеров, которая была бы более жестока по отношению к индейцам. Выборы все же состоялись, и Бэкон стал одним из избранных. Когда он попытался занять свое место в палате - был арестован губернатором. Потом все же его отпустили, но тот собрал верных людей и двинулся в сторону Джеймстауна. Губернатор Беркли уехал на восточное побережье колонии, оставив Джеймстаун Бэкону. Некоторое время Натаниэль контролировал почти всю колонию, готовив её к новым реформам. Джеймстаун был сожжен.
Многие жители стали принимать Бэкона как новоанглийского "Кромвеля", и они захотели вернуться обратно к Беркли. В этот время удача отвернулась от Бэкона, он скончался от дизентерии в октябре 1676 года.
Беркли снова вернулся на свой пост в начале 1677,и он перестарался, повесив 23 человека, активных участников мятежа Бэкона, если бы он нашёл ещё больше, наверняка, тоже бы их казнили.
Карлу II не понравилась жестокость губернатора, Беркли отозвали в Англию, где он умер.
Хотя мятеж Бэкона ни к чему хорошему не привёл, но вот много его реформ вскоре были приняты. Сожженный Джеймстаун так и не восстановили, в 1692 году столицу Виргинии перенесли в Уильямсбург на 6 миль севернее.