С 1874 Лесгафт фокусируется на организации физической подготовки в рамках работы в Главном управлении военно-учебными заведениями. Он организует и возглавляет учебно-гимнастические. курсы офицеров. Он изучает практику организации преподавания гимнастики в Европе, лично проводит занятия студентам 2-й Санкт-Петербургской военной гимназии (ныне Военно-космическая академия имени А. Ф. Можайского) занятия по гимнастике и фехтованию, одновременно читая лекции и организуя практикумы по анатомии и физиологии. Таким образом сформировался двухгодичный курс по подготовке специалистов в сфере спортивной и оздоровительной медицины. Очевидно, что важную роль сыграл предшествующий опыт Петра Лесгафта как хирурга и анатома, в том числе изучавшего сложные патологии. Исследования в качестве прозектора он при этом не прекращал. При этом он продолжает работать на базе своей альмаматер, Медико-хирургической академии, и в подшефных академии клиниках. Он преподает анатомию в Высших женских медицин