В процессе развития Естественно-научный институт имени П. Ф. Лесгафта включал в себя:
Отдельного упоминания достоин музей института, основанный П. Ф. Лесгафтом в 1893, и состоящий из двух больших отделов: сравнительной и экологической морфологии.
Здесь стоит вспомнить о его учителе, Венцеславе Грубере, одним из главных научных интересов которого было изучение того, как одни и те же физиологические и анатомические проявления могут быть нормой, а могут быть и патологией в зависимости от вида изучаемого организма.
Исследование многообразия живой природы позволяет нам назвать этих ученых предтечами возникших существенно позже таких наук как бионика (наука о применении биологических законов при построении технических систем) и биологическая кибернетика.
Естественно-научный институт имени П. Ф. Лесгафта стал центром прогресса: сам Лесгафт первым стал использовать рентгенографию в анатомических исследованиях. Здесь начал свою работу создатель хроматографии Михаил Семенови