Название породы – «Аппалуза» произошло в честь реки Палоуз, протекающей по территории северного Айдахо и восточного Вашингтона или от племени палоуз, проживавшего на берегу этой реки. Когда бледнолицые поселенцы пришли на эти территории, они назвали чубарых лошадей лошадьми Палоуза, что при неотчетливом произношении звучало, как «Appalousey». Официально название «Аппалуза» было утверждено в 1938 году.
Эта порода была выведена индейцами племен Не-Персе путём селекции из потомков лошадей испанских конкистадоров и других пород, ввозимых в Америку европейцами. Вклад в породу внесли чубарые лошади, которые в XVIII веке вышли из моды в Европе и были в массовом порядке экспортированы в Америку. Часть этих лошадей оказалась на воле и в руках индейцев. После военного поражения и поселения в резервацию в 1877 году не-персе потеряли 2000 своих лошадей и утратили традиции коневодства. Порода сохранилась благодаря небольшому числу любителей и в полной мере была восстановлена в 1938 году вместе с образованием клуба любителей аппалузы.
Лошади этой породы прежде всего выделяются своим уникальным окрасом. Для описания мастей применяют 7 терминов: чалая, чепрак, одномастный, пятна, чалый чепрак, чепрак с пятнами и чалый чепрак с пятнами. Выделяют также подмастки, но они варьируются гораздо шире и отнести в определенную категорию их практически невозможно.