Борис Рутковский был архитектором, инженером Министерства путей сообщения и коллежским советником. В 1888 году его супруга Мария подала прошение о разрешении построить каменный двухэтажный жилой дом вдоль Большого Козловского переулка и трехэтажный доходный дом. Когда такое разрешение было получено, Борис Владимирович приступил к разработке проектов и строительству зданий. Спустя 10 лет, в 1898 году, Мария Рутковская продала владение купцу Шавелу Ширману, торговцу мукой и сахаром. Новый собственник оборудовал в особняке системы водопровода и канализации. Затем у юго-восточного угла доходного дома возвели пристройку. А к северному торцу со стороны смежного владения пристроили четырехэтажное здание доходного дома.
В советские годы особняк Рутковских перешел в собственность государства. Помещения в нем были перепланированы, их начали использовать как коммунальные квартиры. В 1990–2000-х годах в особняке работала стоматологическая поликлиника.
В здании XIX века отреставрировали штукатурный слой, кирпичную кладку фасадов и цоколя.
На въезде во двор появились кованые ворота.
Паркет в помещениях второго этажа воссоздали по историческим образцам.
В подвале и на первом этаже дома отреставрировали кирпичные своды Монье (так называют полукруглые лучковые своды). Кроме того, восстановили мозаичный пол первого этажа.
В первоначальном виде воссозданы окна с мраморными и деревянными подоконниками, кирпичный фронтон на южном фасаде и утраченные части кровли.