В мае 1626 года голландский колонист Петер Минейт приобрел у индейцев Манхэттен за горсть бижутерии стоимостью 25 долларов. С тех пор ценники на жилье там заметно выросли.
Манхэттен оказался в центре событий Войны за независимость США. В результате военной ошибки генерала Вашингтона в июле 1776 года командующий британской армией виконт Уильям Хоу сосредоточил войска на соседнем Статен-Айленде. Вашингтон, не зная, куда Хоу собирается направить свой удар, разделил свою и без того маленькую армию численностью 20 тысяч человек на две части между Нью-Йорком и Лонг-Айлендом. В результате Хоу, высадив 27 августа 1776 года 22 тысяч человек на Лонг-Айленде, захватил остров.
Вашингтону удалось ночью эвакуировать остатки разбитой армии в Нью-Йорк. 15 сентября Хоу высадился в Нью-Йорке и так же быстро захватил его. Повстанцы отступили на север к Гарлемским высотам, где ныне расположен район Морнингсайд-Хайтс, и на следующий день силами 2 тысяч человек разбили пятитысячную британскую армию генерала Лесли. К середине ноября 1776 года серия боёв на Манхэттене закончилась захватом англичанами форта Вашингтон, находившегося на месте нынешнего района Вашингтон-Хайтс. Полный контроль над всем островом вновь перешёл к Англии. Восставшие колонисты после этого так и не смогли захватить Манхэттен вплоть до самой эвакуации английских войск в 1783 году. На протяжении всей Войны за независимость Нью-Йорк оставался одним из основных оплотов англичан.
В конце XIX века в несколько этапов к Нью-Йорку были присоединены части территории округа Уэстчестер на материке, которые составили боро Бронкс. В 1895 году остров Манхэттен для улучшения судоходных возможностей реки Гарлем в его самой северной части был перерезан каналом, в результате чего от острова был отделён водой небольшой район Марбл-Хилл. В 1898 году был образован город Нью-Йорк в составе пяти боро, в том числе Манхэттен и Бронкс, составлявшие вместе один округ Нью-Йорк (в составе штата Нью-Йорк).
С 1914 года Бронкс стал самостоятельным округом, и округ Нью-Йорк сейчас занимает ту же территорию, что и при его создании в XIX веке (то есть только Манхэттен).
Со второй половины 1960-х и в течение 1970-х средний класс Манхэттена начал перебираться в пригороды. Но в 1980-е эта тенденция сменилась интересом населения к удовольствиям городской жизни и неограниченным возможностям, которые представляет современный Манхэттен.