Говорят, что лютеранская община во Владивостоке в количестве семи человек появилась в 1865 году, когда население военного поста не превышало одной тысячи. Община росла за счет потомков немецких иммигрантов и выходцев из Прибалтики, коими были прибывающие офицеры армии и флота.
До 1880 г лютеранская община города была приписана к приходу в Иркутске, поэтому проповедники навещали свою паству раз в несколько лет, а богослужения совершали капелланы немецких и английских судов, заходивших в порт.
В 1880 году во Владивостоке появился постоянный пастырь Карл-Август Румпетер. При нем, благодаря участию военного губернатора Приморья контр-адмирала Густава фон Эрдмана, а также российского немца Отто Рейн, передавшему общине участок земли, была построена первая кирха. Она была деревянной и одноэтажной, поэтому, с расширением лютеранской общины за счет переселенцев из-за рубежа, перестала вмещать в себя всех желающих, появилась необходимость в новом здании.
"Нынешним утром мы с Сэйди побывали в лютеранской церкви....Она так мала, что больше похожа на часовню, чем на церковь. Пастор сам смотрит за нею и всегда следит, чтобы полы были чисто вымыты и чтобы в церкви всегда были красивые растения и цветы, которые скрашивали бы голые стены и деревянные скамьи."
письмо Элеоноры Прей в Новую Англию, 14.10.1894
Проект кирхи Святого Павла принадлежал архитектору-лютеранину Георгу Юнгхенделю и представлял собой образец поздней североевропейской готики. Церковь рассчитывалась на 400 человек, с 220 местами для сидения.
Строилось здание с 1907 по 1909 год на пожертвования членов общины. Большую часть средств вложили местные предприниматели города Густав Альберс, Адольф Даттан и Отто Линдгольм. Церковь построена из немецкого кирпича, произведенного на кирпичном заводе Ханса Мюллера (Ziegelwerk Hans Mueller Saargemuend). Строительство обошлось в 43 801 рубль 17 копеек.
В воскресенье (24 января) должна быть освящена новая лютеранская церковь. Мы соберемся в старой церкви, где будет проведена короткая прощальная служба, а затем пройдем всею паствою через сад к новой церкви, где состоится освящение. Новая церковь - кирпичная, и она очень красива; это значительное прибавление в этом конце города.
письмо Элеоноры Прей сестре Кларе, 22.01.1909
В октябре 1923 года, благодаря торговому дому «Кунст и Альберс», в кирхе был сделан ремонт и установлено отопление.
Интересный факт: в октябре 1913 года кирху посетил полярный исследователь из Норвегии Фритьоф Нансен.
В 30-х годах XX столетия лютеран обвинили в шпионаже в пользу Германии, в результате чего, руководителей прихода арестовали, а здание кирхи в 1935 году было закрыто. С конца 1936 года в здании располагались кинотеатр им.М.Горького и клуб старшин Тихоокеанского флота, а после 1950 – Военно-исторический музей Тихоокеанского флота.
Здание вернули лютеранской общине в 1992 году.