Несмотря на все усилия Даян-хана и его преемников, к середине XVII века Монголия находилась в состоянии полной раздробленности и войны всех против всех, что сильно облегчало работу завоевателям, причем на монгольские земли положили глаз бывшие жертвы и рабы монгол маньчжуры, для которых расправа над бывшими поработителями должна была стать первым шагом к созданию собственной империи.
При подчинении Монголии перед основателем империи Цин Нурхаци встала неразрешимая задача: надо было и завоевать монголов, и воспользоваться ими для претворения в жизнь главного проекта Нурхаци - завоевания Китая. Сию дилему Нурхаци решил виртуозно, с присущей ему долей коварства, действуя где подкупом, а где - и блефом, он смог заключить в 1612 году союзнические договора с рядом хорчинских, джарудских и южно-халхаских князей, что серьезно усилило его позиции в монгольских делах, дружбы с Нурхаци стали искать многие другие монгольские князья и ханы, в том числе правитель Чахарского ханства Лигден-хан, планировавший использование маньчжур как тарана при своем завоевании Китая, но Нурхаци требовал безоговорочного подчинения, что привело к войне.
Лигдэн-хан был очень сильным противником для монгол: он пользовался большой популярностью в южно-монгольских княжествах, к тому же заключил договор с Китаем, по которому за денежные субсидии он обязывался защищать китайские границы от маньчжур, но они быстро расправились со строптивым ханом, сначала перехватив караван с китайскими деньгами для Лигдэн-хана, что спровоцировало его набег на Китай, а затем искусно натравили на него северо-монгольских князей, силами которых Лигдэн-хан был наголову разбит и был вынужден бежать в Ордос, где умер в 1634 году от оспы.
В 1636 году на очередном курултае монгольские князья провозгласили императора маньчжур Абахай-хана великим ханом Монголии (богдыханом), что символизировало окончательное подчинение монголов маньчжурам, все же дальнейшие попытки монголов вырваться из-под маньчжурского ига давились экономической блокадой и монгольскими же воинами, перешедшими на службу в маньчжурскую Восьмизнаменную армию, но праздновать свою победу в Монголии маньчжурам было рано, непокоренными оставались западные монголы-ойраты, война с которыми затянется на 70 лет.
