После войны с индейцами Англия вовсе не пыталась помочь своей колонии. Для страны это был удобный повод для раздробления района. Divide et impera. 24 июля 1679 года Нью Гемпшир получил хартию и стал официально отдельной колонией. Массачусетсу, который только получил право на Мэн, удалось удержать этот кусок новой Англии.
Каждая часть старалась сохранить самоуправление, тем паче, после гибели короля Филиппа индейцы угрозы не представляли. Конфедерация новой Англии больше была не нужна, и 5 сентября 1684 года прошло её последнее заседание.
Но Англии все было мало: Массачусетс имел хартию, по которой тому давалось полное самоуправление, и это была пуританская угроза родине. Также за колонией наблюдалось несоблюдение Навигационного акта, там вовсю процветала контрабанда, но сделать англичане ничего с этим не могли, правительство колонии закрыло на это глаза.
Посему в октябре 1684 года Англия просто аннулировала хартию, и колония превратилась в королевские земли, где все были подотчетны монарху.
6 февраля 1685 года умер Карл II, и на трон сел его брат Джеймс Йоркский (Джеймс II). Главной королевской колонией моментально стал Нью Йорк.
Джеймс был необычным королём, он был первым монархом-католиком со времен Марии Первой. А ещё ограниченным и бестактным человеком, которого нельзя было заставить понять, что упрямое настаивание на своём очень часто ведет к провалу. К Массачусетсу новый король отнёсся ещё жёстче, чем брат. Им был создан Доминион новой Англии из 6 колоний - Нью-Гемпшир, Массачусетс, Коннектикут, Род Айленд, Нью Джерси и Нью Йорк. Доминионом правил Андрос, бывший губернатор Нью Йорка, абсолютно проигнорировавший войну с индейцами и помощь другим колониям. Его, мягко говоря, недолюбливали.
Однако, идея единой крупной колонии была удачной, и некоторые принятые им меры были правильными. Андрос постарался покончить с религиозной нетерпимостью в Массачусетсе, настаивал на разрешении других форм протестантизма, а также основал англиканскую церковь в Бостоне в 1687 году.
Как и его господин, Андрос был бестактен, все его свершения встречали ярым сопротивлением. Он силой принуждал колонии признать его власть официально и отказаться от прежних хартий. В январе 1687 года он таки сломал Род Айленд. На очереди был Коннектикут, но колонисты ответили отказом, несмотря на то, что прежняя хартия уже не работала.
В ту самую ночь обсуждений и споров хартия Андрос исчезла, по легенде её спрятал в дупле дуба капитан Уильям Уордсворт, чтобы сохранить документ там до тех пор, когда её можно будет обнародовать. Андрос пропустил все мимо ушей и распустил правительство Коннектикута в ноябре 1687 года.
В 1688 году Джеймс II был свержен, и на престол вступила его дочь Мария II с мужем Вильгельмом (королём Нидерландов). Когда новость докатилась до колонии, там началось восстание, Андрос был арестован и выслан восвояси. Колонии Доминиона вернулись к самоуправлению и раздельному существованию. Массачусетс получил новую хартию в октябре 1691 года, по ней он присоединился к себе Плимут. И как нововведение, по хартии, Массачусетс предоставил свободу вероисповедания всем протестантам.