К XVI веку от великих дел Чингисхана ничего не осталось: канула в лету Яса, монголы со страшным треском вылетели со всех ранее завоеванных ими территорий (те же, кто остался, окончательно ассимилировались), у монгол осталась только принадлежавшая им ранее территория в центре Азии и та была разодрана на части бесконечно воюющими между собой ханствами, княжествами, дружинами отдельных нойонов и просто бандами отморозков, убивавших и грабивших всех, кто в недобрый час попался им под руку. В это время на терртории Монголии окончательно сформировались три государственных образования: Южная Монголия, Ойрато-Джунгарское ханство и Халха-Монголия или коренная Монголия, каждое из которых стало бороться за воссоединение Монгольского государства.
Хотя Халха-Монголия и являлась наиболее населенным и пригодным для жизни регионом, занимавшим земли севернее пустыни Гоби, то, что там было, можно было назвать государством лишь условно - такая же зона анархии, как и везде, но в 1500 году формальный великий хан Даян-хан из династии Чингисидов решил положить этому конец. Завоевав себе имя во время набегов на империю Мин, Даян-хан смог приступить к превращению Халха-Монголии в полноценное государство: он восстановил контроль над Южной Монголией и Тывой, провел военно-административную реформу, переделив подконтрольную себе территорию на 6 туменов, восстановил действие Ясы, но его попытки завоевать Ойратско-Джунгарское ханство окончились провалом, да и Китай ему завоевать не удалось - только ограбить. В 1543 году Даян-хан скончался и его государство начало разваливаться, но созданная им военно-административная система позволила Халха-Монголии оставаться единым государством вплоть до конца XVI века, когда здесь образовалось государство Алтан-ханов, решивших обьединить монгол за счет единой религии - тибетского буддизма.
К началу XVII века держава Алтан-ханов распалась на три государства - Цецен-хана, Дзаксату-хана и Тушету-хана, которые окончательно передрались между собой и в середине XVII века привлекли пристальное внимание со стороны новых завоевателей - маньчжур. Действуя где подкупом, а где - и демонстрацией силы, маньчжуры в первой половине XVII века вынудили халха-монгол к принятию их подданства, но в это же самое время на территорию северной Халхи, заселенную в основном бурятами, пришли русские землепроходцы, присоединившие ее к России, благодаря которой в XIX веке началось монгольское национальное возрождение, приведшее, не без активного участия со стороны России, к восстановлению независимости Монголии, ядром которой стала территория Халха-Монголии.