На дворе 2054 год. Самый разгар Второй Корейской войны. Северная часть решила расширить свои территории и напала на Южную и оккупировала Сеул. В город направляют отряд с главным героем по имени Джек Митчелл и его лучшим другом Уиллом Айронсом. Отрядом командует Кормак. Первое задание после высадки - встретиться с группой диверсантов "Подрывник-1". По пути отряд находит вражескую пусковую установку HAVOC и решают уничтожить ее. Во время установки взрывпакетов защитная панель закрывается и зажимает руку Уиллу. Джек пытался помочь другу, но установка взлетела раньше времени и Уилл, оттолкнув друга от себя, погиб при взрыве. Митчелл выжил, но потерял левую руку из-за прилетевшего осколка. Героя спас командир Кормак.
Спустя некоторое время проводятся похороны Уилла. Джек знакомится с Джонатаном Айронсом - отцом погибшего и основателем крупнейшего воинского соединения "Атлас". Джонатан предложил Джеку вступить в корпорацию, на что тот не смог отказать и согласился. Уже в Атласе ему вместо утерянной руки вживили новый протез. Джек начал проходить тренировки под командованием нового командира - капитана Гидеона, с которым они хорошо сдружились. Через пару месяцев героя отправили на его первое задание в Лагосе. Группе поручено спасти премьер-министра Нигерии, которого захватили террористы из KVA. Операция прошла успешно: удалось спасти не только министра, но еще и одного из ученых с саммита Нигерии. Спустя время, отряд Гидеона пробивается к атомному реактору в Сиэтле, чтобы предотвратить его уничтожение, но этого не удалось сделать. Вскоре по всему миру происходит атака по электростанциям. Как выяснилось, за атаки стоит лидер KVA - Иосиф "Аид" Чхеидзе. Его много лет пытаются отловить, но попытки остаются безуспешными, пока Джек с Гидеоном не отлавливают в Детройте Пьера Дануа - сообщника Аида. На допросе Дануа проговаривается и раскрывает место встречи Аида на Санторини. Гидеон быстро отправляет на место своих лучших бойцов. Им удается снять Аида с дрона, но, как выяснилось, это был его двойник. Митчеллу с его новой напарницей Илоной удается выбраться из осады KVA и ухватиться за настоящий конвой Аида. Митчелл убивает Аида и тот, перед смертью, отдает ему чип с информацией со словами "Айронс знает...".
Спустя время в Новом Багдаде Илона показывает расшифрованную информацию с чипа Митчеллу и Гидеону. После просмотра выяснилось, что Айронс убил ученого, которого спасли в Нигерии. Героев застают в самый разгар. Гидеон не верит Илоне и остается на стороне Айронса. Джеку вместе с Илоной приходится устранить бывших сослуживцев и покинуть здание. Они добираются до точки эвакуации, где они встречаются с Кормаком. С этого момента они попадают в ряды "Стражей" и ведут активную войну против Атласа. Стражи проникают в особняк Айронса в Таиланде, где он проводит встречу с Пьером Дануа. Они добираются до самолета, который перевозит "Мантикору" и устанавливают на него жучок. Позднее выясняется, что Мантикора - биооружие, которое производит Атлас. Оружие поражает тех, кто не привился - один вдох и человек умирает. Привитые же могут спокойно переносить атаку. Главные герои в спешке проникают на завод по производству Мантикоры и уничтожают его. После взрыва завода, герои эвакуируются на танке Т-740.
После этого Айронс наносит удар по США. Стражам не получилось остановить теракт на мосту Золотые Ворота в Сан-Франциско, но они успешно помогают с защитой союзному флоту. Когда начался штурм на штаб Айронса в Багдаде, Атлас активно применял свою разработку Мантикору, которая скашивала солдат Стражей. Гидеон, Илона, Кормак и Митчелл попадаются в плен. При допросе Айронс смертельно ранит Кормака, а Митчеллу разбивает протез. Главные герои смогли выбраться и эвакуироваться из лагеря.
После смерти командира Кормака Гидеон решается штурмовать штаб Айронса в экзоскелетах. Пробиваясь через войска Атласа, бойцы проникают в шахту и уничтожают ракету с Мантикорой, которая была направлена на крупный город США. Герои добираются до Айронса, но тот успевает уйти, отключив экзоскелеты. Джек снимает свой костюм и успевает догнать Айронса. Тот падает с балкона, но успевает схватиться за сломанный протез Митчелла и начинает молить о пощаде. Джек отрезает свой протез ножом и Айронс летит с небоскреба вниз. Гидеон помогает Джеку встать и герои вместе покидают разрушенное здание корпорации.