Мир повяз в войнах. "Федерация", войска ЮА, атакует США. Во время атаки они получают контроль над космическим комплексом ракет "ODIN" и с их помощью атакуют крупные города США. Главный герой по имени Логан Уокер вместе со своим братом Хешем Уокером и отцом Элиасом Уокером сидели на семейном пикнике в лесу и рассказывали легенды о призраках. Их беседу прервала содрогающаяся земля. Как оказалось, это была одна из ракет ракетного комплекса "ODIN". Семье удалось сбежать с места поражения на машине отца. Спустя десять лет двое братьев стали солдатами в спецотряде "Призраки". Отсюда и начинается путь героя.
Действия игры разворачиваются в 2027 году, спустя некоторое время после обстрела дома героя. США сражаются с Федерацией на территориях разрушенных городов, которые обозначены как "Нейтральная зона". Логан и его старший брат Дэвид с кличкой "Хэш" - солдаты армии США, состоящие в группе "Викинг", которой руководит их отец Элиас. Во время одного из патрулей они разоблачили одного американца по имени Гэбриель Рорк, который поддерживал связь с Федерацией. После этого братья были пойманы в засаду, но, практически сразу спасены отрядом "Призраки", которые искали своего товарища и бойца Алекса «Аякса» Джонсона, которого тоже захватили в плен бойцы Рорка. Братья объединились с "Призраками" и помогли найти Аякса. Но было слишком поздно, боец погиб от рук солдата Федерации. После этого два брата встретились с отцом, где последний рассказал о том, что он является руководителем отряда "Призраки". Элиас сказал, что они прошли все испытания и готовы попасть в отряд "Призраков". Отец им поведал о том, что Рорк является бывшим лидером "Призраков": однажды отряд под командованием Гэбриела проводили операцию в Венесуэлле уничтожению по президента Федерации - Диего Эльмарго. Элиасу удалось устранить цель, но в этот момент вертолет отряда потерпел крушение. Элиас смог ухватиться за трос и схватить Рорка над пропастью. Ради спасения отряда Элиасу пришлось отпустить руку Гэбриеля. Рорка считали погибшим долгое время. Его нашли и спасли солдаты Федерации и завербовали к себе, чтобы тот отслеживал "Призраков" для уничтожения.
Отряду "Призраки" удалось определить местонахождение Гэбриеля и убить Виктора Рамоса - инженера и ученого Федерации, взломавшего станцию "ODIN" в 2017 году. После этого Призракам удалось захватить Рорка на одном из его заводов, но его спасли солдаты Федерации, подбив самолет Призраков. Отряд приземлился в джунглях Амазонки и стали свидетелями запуска ракеты, которая неизвестно куда полетела. Выбравшись из джунглей, отряд отправился штурмом на лабораторию Федерации в Аргентине, затем в Андах, а потом и в Рио-де-Жанейро, где получилось узнать данные по новым разработкам. Также для обеспечения безопасного пути отряду пришлось уничтожить Нефтяную платформу "Атлас", которая была под контролем Федерации. В этот момент флот Федерации ослабил защиту на побережье Бразилии, благодаря чему Призракам удалось прорвать оборону и пробраться на фабрику Рио-де-Жанейро. Там они обнаружили новую разработку - орбитальная система ЛОКИ на основе технологии ODIN. После уничтожения фабрики, отряд переместился в убежище в Лас-Вегасе, но там их захватили бойцы Рорка. Оказалось, перед смертью Аякс проболтался о месторасположении убежища. Рорк начал допрашивать отряд. Во время допроса он ранил Логана и убил Элиаса прямо на глазах сыновей. С трудом, но Призракам удалось сбежать из плена.
Отряд возглавил Томас Меррик. Призраки решили поехать в Чили, чтобы уничтожить ретранслятор для того, чтобы взять под контроль космическую станцию ЛОКИ и остановить удар по США. По пути в Чили на отряд нападали корабли Федерации и смогли потопить корабль, но Призраки смогли улететь на вертолете. В это время танковая рота "Бэджер" нанесла удар по пустыне Атакама в Чили и уничтожила оборону Федерации. Призраки высадились на освобожденную зону и захватили центр управления и направили ракету на ретранслятор. Уокеры запрыгивают на поезд с Рорком и уезжают. Территория Федерации в Атакаме была полностью уничтожена. После уничтожения ретранслятора, армия США пробралась на станцию ЛОКИ в космосе и взяла под свой контроль и направили все ракеты на объекты Федерации, тем самым ослабив ее. В этот момент Уокеры пробивались в поезде в поисках Гэбриеля. Гэбриель приставил пистолет к голове Логана и велел второму брату сложить оружие, после чего выстрелил ему в живот. В этот момент по рельсам произвели выстрел со станции ЛОКИ и поезд упал в воду. Логан схватил пистолет и выстрелил в Рорка. Пуля от выстрела прошла на вылет, попала в Хэша и пробила стекло. Логан схватил брата и, проплыв через вагон, вынес его на берег. Вместе они стояли и наблюдали за падением Федерации.
Во время любования взрывами объектов, на Логана внезапно напал Гэбриель, который выжил. Он сломал руку Логану и сказал ему о том, что он мог стать одним из Призраков, но пообещал уничтожить весь отряд вместе с Логаном. Хэш наводит пистолет на Рорка, но тот выбивает оружие из рук. Затем Гэбриель потащил Логана за собой. Раненный Хэш не смог ничем помочь. После всего этого Логан просыпается в яме в джунглях, в которой держали Рорка перед тем, как его завербовали.
