Давайте примем как данность, что руководитель не может уволить сотрудника.
Я бы себя обезопасил. Самое опасное в работе руководителя — ложь. Когда он лжёт, то лишается доверия, желания сотрудников работать и выполнять его распоряжения. Поэтому соберите свою команду и объясните им ситуацию: есть сотрудник, который вас не устраивает (конкретно назовите почему, с точки зрения компетенций), но уволить вы его не можете. И это для вас проблема, с который вы вынуждены жить и работать. Не пытайтесь играть в игру «этой проблемы не существует».
Попытайтесь создать систему, хотя она и не будет полностью прозрачной. Но это приемлемый вариант, который позволит не потерять власть и влияние при работе с сотрудниками.
А от сотрудника, который не устраивает, я бы максимально требовал, ставил задачи, даже если бы он не справлялся. Раз уж так складывается ситуация, нужно дать ему шанс. Кстати, возможно то, что этот человек не выдержит и уйдёт сам.