Первая обширная коллекция предметов, связанная с историей Бородинского сражения, была собрана в конце XIX – начале XX веков начальником железнодорожной станции Бородино П.П. Богдановичем. Она легла в основу Музея 1812 года, который был открыт в 1902 году в одном из залов вокзала.
В экспозиции Музея были представлены живописные и графические портреты героев Бородинского сражения, батальные картины, вооружение и снаряжение русской и западноевропейских армий, предметы декоративно-прикладного искусства, книги, документы.
В 1912 году в здании, построенном на месте сторожки инвалидов, разместилась юбилейная экспозиция, посвященная 100-летию Бородинского сражения, в залах которой были представлены произведения живописи, графики и скульптуры, привезенные из Санкт-Петербурга и Москвы.
В начале 1920-х годов предметы из музея со станции Бородино, Императорского дворца, имевшие музейное значение, были сосредоточены в здании у Батареи Раевского, которое стало называться Бородинским музеем. В конце 1920-х годов, после закрытия Спасо-Бородинского монастыря, в собрание Бородинского музея поступили некоторые вещи из мемориального дома игумении Марии, основательницы монастыря.
В 1930-е годы пополнение коллекции происходило в основном за счет поступлений из Государственного музейного фонда. В октябре 1941 года, перед началом боев с гитлеровцами на Бородинском поле, экспонаты музея были эвакуированы в г. Алма-Ату.
После капитального ремонта здания музея, сожженного немцами в 1942 году, реликвии 1812 года вновь заняли свое место в экспозиции, открывшейся в октябре 1944 года.